Energetics and Specificity of Interactions within Ub·Uev·Ubc13 Human Ubiquitin Conjugation Complexes
Notice bibliographique
Résumé
Lys(63)-linked polyubiquitin (poly-Ub) chains appear to play a nondegradative signaling and/or recruitment role in a variety of key eukaryotic cellular processes, including NF-kappaB signal transduction and DNA repair. A protein heterodimer composed of a catalytically active ubiquitin-conjugating enzyme (Ubc13) and its homologue (Mms2 or Uev1a) forms a catalytic scaffold upon which a noncovalently associated acceptor Ub and thiolester-linked donor Ub are oriented such that Lys(63)-linked poly-Ub chain synthesis is facilitated. In this study, we have used (1)H-(15)N nuclear magnetic resonance spectroscopy, in combination with isothermal titration calorimetry, to determine the thermodynamics and kinetics of the interactions between various components of the Lys(63)-linked poly-Ub conjugation machinery. Mms2 and Uev1a interact in vitro with acceptor Ub to form 1/1 complexes with macroscopic dissociation constants of 98 +/- 15 and 213 +/- 14 microM, respectively, and appear to bind Ub in a similar fashion. Interestingly, the Mms2.Ubc13 heterodimer associates with acceptor Ub in a 1/1 complex and binds with a dissociation constant of 28 +/- 6 microM, significantly stronger than the binding of Mms2 alone. Furthermore, a dissociation constant of 49 +/- 7 nM was determined for the interaction between Mms2 and Ubc13 using isothermal titration calorimetry. In connection with previous structural studies for this system, the thermodynamics and kinetics of acceptor Ub binding to the Mms2.Ubc13 heterodimer described in detail in this study will allow for a more thorough rationalization of the mechanism of formation of Lys(63)-linked poly-Ub chains.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».