Novel avian leukosis virus-related endogenous proviruses from layer chickens: Characterization and development of locus-specific assays
Notice bibliographique
Résumé
During the course of evolution, vertebrate genomes have been invaded and colonized by retroviruses. In humans, for example, endogenous retroviruses (long terminal repeat elements) occupy roughly twice as much sequence space as essential genes. There are numerous reports in the literature implicating endogenous proviruses in the modulation of host physiology. The fact that many of these host-virus interactions take place in a proviral locus-specific manner speaks to the need for rapid assays for element profiling. This report deals with the identification of novel elements belonging to a family of endogenous retroviruses, designated ALVE, that reside in the genome of the chicken and that are closely related to exogenous avian leukosis viruses. The study of ALVE elements in the chicken genome serves as a model system for understanding the interplay between endogenous viruses and their vertebrate hosts in general, including humans. In this report, we present locus-specific, diagnostic PCR-based assays for 2 novel ALVE elements. In addition, we characterize the proviral structures and examine the genomic environments of both novel elements along with a previously described element known as ALVE-NSAC-3.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».