Catalytic Role of the Conformational Change in Succinyl-CoA:3-Oxoacid CoA Transferase on Binding CoA,
Notice bibliographique
Résumé
Catalysis by succinyl-CoA:3-oxoacid CoA transferase proceeds through a thioester intermediate in which CoA is covalently linked to the enzyme. To determine the conformation of the thioester intermediate, crystals of the pig enzyme were grown in the presence of the substrate acetoacetyl-CoA. X-ray diffraction data show the enzyme in both the free form and covalently bound to CoA via Glu305. In the complex, the protein adopts a conformation in which residues 267-275, 280-287, 357-373, and 398-477 have shifted toward Glu305, closing the enzyme around the thioester. Enzymes provide catalysis by stabilizing the transition state relative to complexes with substrates or products. In this case, the conformational change allows the enzyme to interact with parts of CoA distant from the reactive thiol while the thiol is covalently linked to the enzyme. The enzyme forms stabilizing interactions with both the nucleotide and pantoic acid portions of CoA, while the interactions with the amide groups of the pantetheine portion are poor. The results shed light on how the enzyme uses the binding energy for groups remote from the active center of CoA to destabilize atoms closer to the active center, leading to acceleration of the reaction by the enzyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».