Substrate Binding Affinity of <i>Pseudomonas aeruginosa </i>Membrane-Bound Lytic Transglycosylase B by Hydrogen−Deuterium Exchange MALDI MS
Notice bibliographique
Résumé
Lytic transglycosylases cleave the beta-(1-->4)-glycosidic bond in the bacterial cell wall heteropolymer, peptidoglycan, between the N-acetylmuramic acid (MurNAc) and N-acetylglucosamine (GlcNAc) residues with the concomitant formation of a 1,6-anhydromuramoyl residue. With 72% amino acid sequence identity between the enzymes, the theoretical structure of the membrane-bound lytic transglycosylase B (MltB) from Psuedomonas aeruginosa was modeled on the known crystal structure of Escherichia coli Slt35, the soluble derivative of its MltB. Of the twelve residues in Slt35 known to make contacts with peptidoglycan derivatives in Slt35, nine exist in the same position in the P. aeruginosa homologue, with two others only slightly displaced. To probe the binding properties of an engineered soluble form of the P. aeruginosa MltB, a SUPREX method involving hydrogen/deuterium exchange coupled with MALDI mass spectrometry detection was developed. Dissociation constants were calculated for a series of peptidoglycan components and compared to those obtained by difference UV absorption spectroscopy. These data indicated that GlcNAc alone does not bind to MltB with any measurable affinity but it does contribute to the binding of GlcNAc-MurNAc-dipeptide. With the MurNAc series of ligands, significant binding contributions are made through both the N-acetyl and C-3 lactyl moieties of the aminosugar with additional contributions to binding provided by associated peptides.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».