Influence of β-Sheet Structure on the Susceptibility of Proteins to Backbone Oxidative Damage: Preference for <sup>α</sup>C-Centered Radical Formation at Glycine Residues of Antiparallel β-Sheets
Notice bibliographique
Résumé
Ab initio calculations at the B3LYP/6-31G(d) level of theory were carried out on selected cyclic hydrogen-bonded (H-bonded) dimers of glycine and alanine as models for β-sheets and on the α C-centered radicals derived from them. The structures mirrored the cycles found in the H-bonded network of parallel and antiparallel β-sheet secondary structure, and were otimized both with and without enforcement of constraints on the Φ,Ψ torsion angles. Transition structures for the migration of an H atom from an α C site to another α C site or to an S atom were located. It was found that the presence of a H-bonded strand of a β-sheet has little effect on the α C−H bond dissociation enthalpy (BDE) of glycine but raises the BDE of other residues by a significant amount. The parallel β-sheet structure and Φ,Ψ angles lead to a significant increase in BDE, relative to the random coil structure, due to loss of captodative stabilization. The antiparallel β-sheet structure and Φ,Ψ angles do not lead to a significant increase in BDE. All residues incorporated in β-sheet secondary structure, with the exception of glycine, are protected from oxidative damage because the α C−H bond is internal to the sheet and inaccessible to oxidizing radicals. Glycine is susceptible to oxidative damage because it has a second α C−H bond which is exposed. Among residues in secondary structures, only glycine is susceptible to damage by weak oxidants such as thiyl radicals and superoxide, provided it is in an antiparallel β-sheet. Radical damage may propagate readily from one strand to another above the β-sheet, but not within the β-sheet. β-Sheet structure narrows the difference between the glycyl α C−H BDE and S−H BDE and facilitates interstrand H atom transfer between the glycyl α C site and the S atom of cysteine.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».