Copy Number Analysis of c-erb-B2 (HER-2/neu) and Topoisomerase IIα Genes in Breast Carcinoma by Quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction Using Hybridization Probes and Fluorescence In Situ Hybridization
Notice bibliographique
Résumé
CONTEXT: The Topoisomerase IIalpha (TOP2A) protein is the target of the anthracycline class of chemotherapeutic agents. TOP2A is frequently coamplified with c-erb-B2 and consequently might be a prognostic and/or predictive factor for breast cancer patients when anthracycline-based chemotherapy is a consideration. A total of 20% to 35% of breast carcinomas show amplification of the erb-B2 gene, some of which also have coamplification of the TOP2A gene. Investigation of the prognostic or predictive significance of these gene amplifications requires a reliable and sensitive method for the measurement of gene copy number in clinical tumor samples. OBJECTIVE: To assess 2 different assay methods that might allow accurate, reproducible, quantitative, and high-throughput estimation of gene copy number in fresh, frozen, or paraffin-embedded breast cancer specimens. DESIGN: We developed an assay and analyzed the gene copy numbers of the erb-B2 and TOP2A genes in 8 breast cancer cell lines, 6 fresh frozen samples, and 38 paraffin-embedded breast tumor specimens by a novel real-time polymerase chain reaction (PCR) assay using hybridization probes. The results were compared with standard fluorescence in situ hybridization. RESULTS: We discovered a 100% concordance between assessment of gene copy number of erb-B2 and TOP2A between quantitative PCR and fluorescence in situ hybridization (FISH). Quantitative PCR also had the additional feature of uncovering an erb-B2 gene polymorphism. Finally, we observed that TOP2A amplification only occurred in conjunction with erb-B2 amplification in our paraffin-embedded cases of invasive breast carcinoma and that this event was present in 5 (42%) of 12 erb-B2 amplified cases. CONCLUSIONS: We conclude that the potentially automatic, real-time PCR analysis using hybridization probes is an efficient method to perform copy number analysis, with results that appear identical to the FISH technique and with the benefit of identifying HER-2 polymorphisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».