Two independently selected capping ribozymes share similar substrate requirements
Notice bibliographique
Résumé
We report the isolation and characterization of a second capping ribozyme, called 6.17. This ribozyme has substrate requirements that are very similar to a previously isolated capping ribozyme called Iso6. Both ribozymes promote capping and cap exchange reactions with a broad range of nucleotide substrates. The ribozymes mediate a reaction where the terminal phosphate of the nucleotide substrate attacks the alpha-phosphate found at the ribozyme's 5' terminus. This reaction involves the release of pyrophosphate during capping or a nucleotide during cap exchange. The second-order rate constants for 6.17 and Iso6 depend strongly on the length of the phosphate group found on the nucleotide substrate. Nucleoside diphosphates or triphosphates are efficiently utilized, while monophosphates are used approximately 20-fold less efficiently by both ribozymes. These ribozymes also have rates that increase as pH is decreased. Despite these similarities, the ribozymes are not identical and 6.17 performs optimally when incubated with divalent magnesium ions, while Iso6 displays a preference for calcium ions. Further, the ribozymes have globally different secondary structures; 6.17 has a complicated pseudoknot structure consisting of five helical elements, while Iso6 likely consists of four helical elements. We hypothesize that capping proceeds via an invariant phosphate dependent mechanism that imposes a nearly identical "catalytic fingerprint" on these two distinct ribozymes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».