Site-Directed Mutagenesis to Identify Key Residues in Structure-Function Relationship of Winged Bean Chymotrypsin-Trypsin Inhibitor and 3-D Structure Prediction
Notice bibliographique
Résumé
Winged bean chymotrypsin trypsin inhibitor (WbCTI) is a Kunitz type serine protease inhibitor that inhibits both trypsin and chymotrypsin at 1:1 molar ratio. Site-directed mutagenesis study was employed to generate two mutants of WbCTI, with an aim to explore its dual inhibitory properties against the proteases. The mutants were expressed in Escherichia coli and, were purified to homogeneity using a single step immunoaffinity column. The two mutants, each containing a single mutation at the amino acid sequence positions of 63 and 64, were named as L63A and R64A, respectively. Purified L63A-WbCTI exhibited anti-trypsin activity with no anti-chymotrypsin activity whereas R64A-WbCTI could inhibit chymotrypsin but not trypsin. To investigate the binding interactions between the mutated forms of WbCTI with the putative proteases, binding studies were carried out using gel filtration chromatography which further confirmed the formation of enzyme-inhibitor complexes. Finally, 3D model structure of WbCTI was designed using computer simulations which further emphasize the roles of L63 and R64 residues for dual inhibitory characteristics of WbCTI. Keywords: Molecular modeling, reactive site loop, serine protease inhibitor, WbCTI mutants, 3-D Structure Prediction, chromatography, trypsin and chymotrypsin, Plant proteinase inhibitors (PI), Site Directed Mutagenesis, PCR, LB-ampicillin agar, IPTG, ETI, Biosym Technologies, bacterial lysateMolecular modeling, reactive site loop, serine protease inhibitor, WbCTI mutants, 3-D Structure Prediction, chromatography, trypsin and chymotrypsin, Plant proteinase inhibitors (PI), Site Directed Mutagenesis, PCR, LB-ampicillin agar, IPTG, ETI, Biosym Technologies, bacterial lysate
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».