Phylogenetic relationships and divergence times of the genus<i>Tokudaia</i>within Murinae (Muridae; Rodentia) inferred from the nucleotide sequences encoding the Cyt<i>b</i>gene, RAG 1, and IRBP
Notice bibliographique
Résumé
The phylogenetic relationships of six genera of Murinae (Apodemus, Diplothrix, Micromys, Mus, Rattus, and Tokudaia) were examined using the nucleotide sequences for the mitochondrial cytochrome b (Cytb), as well as the nuclear recombination activating gene 1 (RAG1) and interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP), with special emphasis on the position of the genus Tokudaia, which is endemic to the Ryukyu Islands. Compared with Cytb at all codon positions, the first and second codon positions of Cytb, RAG1 (1002 base pairs (bp)), and IRBP (1586 bp) sequences were less prone to saturation. Close affinity between the genera Tokudaia and Apodemus was observed in the analyses using the IRBP (1586 bp) and combined nuclear (2588 bp; RAG1 + IRBP) sequences. The divergence time for the Tokudaia–Apodemus clade was estimated at approximately 6.5–8.0 Ma, which is more recent than previously reported, thereby indicating the recent colonization of the Ryukyu Islands by the genus Tokudaia. The other relationships among the main genera were highly ambiguous, owing either to saturation or insufficient phylogenetic information. The radiation of the main genera within a relatively short period of evolutionary time may explain the unresolved topologies, although molecular sources that are less subject to saturation are required to resolve the outstanding issues.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».