<i>E. coli</i> 6S RNA release from RNA polymerase requires σ<sup>70</sup> ejection by scrunching and is orchestrated by a conserved RNA hairpin
Notice bibliographique
Résumé
The 6S RNA in Escherichia coli suppresses housekeeping transcription by binding to RNA polymerase holoenzyme (core polymerase + σ⁷⁰) under low nutrient conditions and rescues σ⁷⁰-dependent transcription in high nutrient conditions by the synthesis of a short product RNA (pRNA) using itself as a template. Here we characterize a kinetic intermediate that arises during 6S RNA release. This state, consisting of 6S RNA and core polymerase, is related to the formation of a top-strand "release" hairpin that is conserved across the γ-proteobacteria. Deliberately slowing the intrinsic 6S RNA release rate by nucleotide feeding experiments reveals that σ⁷⁰ ejection occurs abruptly once a pRNA length of 9 nucleotides (nt) is reached. After σ⁷⁰ ejection, an additional 4 nt of pRNA synthesis is required before the 6S:pRNA complex is finally released from core polymerase. Changing the E. coli 6S RNA sequence to preclude formation of the release hairpin dramatically slows the speed of 6S RNA release but, surprisingly, does not alter the abruptness of σ⁷⁰ ejection. Rather, the pRNA size required to trigger σ⁷⁰ release increases from 9 nt to 14 nt. That a precise pRNA length is required to trigger σ⁷⁰ release either with or without a hairpin implicates an intrinsic "scrunching"-type release mechanism. We speculate that the release hairpin serves two primary functions in the γ-proteobacteria: First, its formation strips single-stranded "-10" 6S RNA interactions away from σ⁷⁰. Second, the formation of the hairpin accumulates RNA into a region of the polymerase complex previously associated with DNA scrunching, further destabilizing the 6S:pRNA:polymerase complex.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».