Comparison of direct identification of bacteria from VersaTrek Blood culture bottles using a seven present saponin extraction method and SepsiTyper by the Bruker MALDI-TOF
Notice bibliographique
Résumé
Background: In cases of bacteremia, a rapid bacterial identification to the genus and species level is critical to ensure the timely and correct treatment with an antimicrobial agent. The identification of the bacterial agent directly from positive blood culture broths could reduce the time to initiating the most appropiate antibiotic therapy. Methods & Materials: We evaluated the direct identification of micro-organisms from VersaTrek positive blood culture bottles using the Bruker Microflex matrix assisted laser desorption/ionization (MALDI) time of flight (TOF).One hundred and seven positive blood culture bottles were flagged positive by the VersaTrek blood culture system. Only positive blood cultures suggestive of a monomicrobial infection were included in the comparison. One hundred and two blood cultures had a single morphologically appearance on Gram stain suggesting a monomicrobial infection. Bacterial extraction was performed by using two different methods: the MALDI SepsiTyper kit (Bruker) and an in-house 7% saponin lysis method In total, 102 monobacterial cultures were included in this study. The methods was compared to the final culture result identified to genus and species level. Results: Among the 102 monomicrobial cultures, we identified 62 Gram positive organisms and 40 Gram negative cultures were identified using the two methods. A total of 93% Gram negative organisms and 84% of Gram positive bacteria with the saponin extraction method and 88% Gram negative and 81% Gram positive organisms using the SepsiTyper kit respectively were correctly identified to species level if compared to the final culture result. The analysis of the time-to-result demonstrated a reduction in the turnaround time foridentification ranging from one hour to twenty four hours, when performing the blood culture direct identification in comparison with the conventional method, whatever the extraction method. Conclusion: The conclusion we came to is that in our laboratory the saponin extraction method provides a reliable alternative to the SepsiTyper direct extraction method for Gram negative organisms and Gram positive organisms. Further evaluation of mixed cultures and an improved identification data library may improve identification in mixed cultures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».