Identification of Genes Regulated by the <i>cepIR</i> Quorum-Sensing System in <i>Burkholderia cenocepacia</i> by High-Throughput Screening of a Random Promoter Library
Notice bibliographique
Résumé
The Burkholderia cenocepacia cepIR quorum-sensing system regulates expression of extracellular proteases, chitinase, and genes involved in ornibactin biosynthesis, biofilm formation, and motility. In a genome-wide screen we identified cepIR-regulated genes by screening a random promoter library of B. cenocepacia K56-2 constructed in a luminescence reporter detection plasmid for differential expression in response to N-octanoyl-l-homoserine lactone (OHL). Eighty-nine clones were identified; in 58 of these clones expression was positively regulated by cepIR, and in 31 expression was negatively regulated by cepIR. The expression profiles of the 89 promoter clones were compared in the cepI mutant K56-dI2 in medium supplemented with 30 pM OHL and K56-2 to confirm that the presence of OHL restored expression to wild-type levels. To validate the promoter library observations and to determine the effect of a cepR mutation on expression of selected genes, the mRNA levels of nine genes whose promoters were predicted to be regulated by cepR were quantitated by quantitative reverse transcription-PCR in the wild type and cepI and cepR mutants. The expression levels of all nine genes were similar in the cepI and cepR mutants and consistent with the promoter-lux reporter activity. The expression of four selected cepIR-regulated gene promoters was examined in a cciIR mutant, and two of these promoters were also regulated by cciIR. This study extends our understanding of genes whose expression is influenced by cepIR and indicates the global regulatory effect of the cepIR system in B. cenocepacia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».