Group I intron-like insertions in SSU rDNA of <b><i>Cladonia gracilis</i></b> and <b><i>C. rangiferina</i></b>
Notice bibliographique
Résumé
During a study on population genetics of three species of Cladonia using the nuclear ribosomal 18S DNA, two species contained group I intron-like sequences located in positions 788 and 940 with reference to the E. coli 16S rDNA gene. The intron in position 940 was not typical of group I introns and had previously been described only from the Parmeliaceae and Lecanoraceae, but here we report the occurrence of this intron in the Cladoniaceae. The intron in position 788 had characteristics of group I introns and had previously been reported from the Physciaceae. In this paper we provide for the first time a putative RNA fold for the nS788 intron, compare the secondary RNA structure of the Cladonia group I introns (nS788 and nS940) to that of other taxa, and infer a phylogenetic history among 15 members of the Lecanorales based on the evolutionary history of the nS788 group I intron. The RNA fold for nS788 contained two optional hairpins, P2.1 and a potentially newly described hairpin referred to as P5.1. The phylogenetic hypothesis supports the monophyly of the genus Cladonia. It also supports the separation of two large groups in the Physciaceae; the Buellia-group and the Physcia-group.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».