Group I intron-like insertions in SSU rDNA of <b><i>Cladonia gracilis</i></b> and <b><i>C. rangiferina</i></b>
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
During a study on population genetics of three species of Cladonia using the nuclear ribosomal 18S DNA, two species contained group I intron-like sequences located in positions 788 and 940 with reference to the E. coli 16S rDNA gene. The intron in position 940 was not typical of group I introns and had previously been described only from the Parmeliaceae and Lecanoraceae , but here we report the occurrence of this intron in the Cladoniaceae . The intron in position 788 had characteristics of group I introns and had previously been reported from the Physciaceae . In this paper we provide for the first time a putative RNA fold for the nS788 intron, compare the secondary RNA structure of the Cladonia group I introns (nS788 and nS940) to that of other taxa, and infer a phylogenetic history among 15 members of the Lecanorales based on the evolutionary history of the nS788 group I intron. The RNA fold for nS788 contained two optional hairpins, P2.1 and a potentially newly described hairpin referred to as P5.1. The phylogenetic hypothesis supports the monophyly of the genus Cladonia . It also supports the separation of two large groups in the Physciaceae ; the Buellia -group and the Physcia -group.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle