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Enregistrement W2154403718 · doi:10.1126/science.1133609

The Genome of the Sea Urchin <i>Strongylocentrotus purpuratus</i>

2006· article· en· W2154403718 sur OpenAlexaff
Erica Sodergren, George M. Weinstock, Eric H. Davidson, R. Andrew Cameron, Richard A. Gibbs, Robert C. Angerer, Lynne M. Angerer, Maria Ina Arnone, David R. Burgess, Robert D. Burke, James A. Coffman, Michael Dean, Maurice R. Elphick, Charles A. Ettensohn, Kathy R. Foltz, Amro Hamdoun, Richard O. Hynes, William H. Klein, William F. Marzluff, David R. McClay, Robert L. Morris, Arcady Mushegian, Jonathan P. Rast, L. Courtney Smith, Michael C. Thorndyke, Victor D. Vacquier, Gary M. Wessel, Greg Wray, Lan Zhang, Christine G. Elsik, Olga Ermolaeva, Wratko Hlavina, Gretchen E. Hofmann, Paul Kitts, Melissa Landrum, Aaron J. Mackey, Donna Maglott, G. V. Panopoulou, Albert J. Poustka, Kim D. Pruitt, Victor Sapojnikov, Xingzhi Song, Alexandre Souvorov, Victor Solovyev, Wei Zheng, Charles A. Whittaker, Kim C. Worley, K. James Durbin, Yufeng Shen, Olivier Fédrigo, David Garfield, Ralph Haygood, Alexander Primus, Rahul Satija, Tonya F. Severson, Manuel L. Gonzalez‐Garay, Andrew R. Jackson, Aleksandar Milosavljevic, Mark Tong, Christopher E. Killian, Brian T. Livingston, Fred H. Wilt, Nikki Adams, Robert Bellé, Seth Carbonneau, Rocky Cheung, Patrick Cormier, Bertrand Cosson, Jenifer C. Croce, Antonio Fernàndez-Guerra, Anne-Marie Genevière, Manisha Goel, Hemant Kelkar, Julia Morales, Odile Mulner‐Lorillon, A Robertson, Jared V. Goldstone, Bryan J. Cole, David Epel, Bert Gold, Mark E. Hahn, Meredith Ashby, Mark Scally, John J. Stegeman, Erin L. Allgood, Jonah Cool, Kyle M. Judkins, S. Shawn McCafferty, Ashlan M. Musante, Robert A. Obar, Amanda P. Rawson, Blair J. Rossetti, I. R. Gibbons, Matthew P. Hoffman, Andrew Leone, Sorin Istrail, Stefan C. Materna, Manoj P. Samanta, Viktor Štolc, Waraporn Tongprasit, Qiang Tu, Karl‐F. Bergeron, Bruce P. Brandhorst, James R. Whittle, Kevin Berney, David J. Bottjer, Cristina Calestani, Kevin J. Peterson, Elly Suk Hen Chow, Qiu Autumn Yuan, Eran Elhaik, Dan Graur, Justin Reese, Ian Bosdet, Heesun Shin, Marco A. Marra, Jacqueline E. Schein, Michele K. Anderson, Virginia Brockton, Katherine M. Buckley, Avis H. Cohen, Sebastian D. Fugmann, Taku Hibino, Mariano Loza‐Coll, Audrey J. Majeske, Cynthia Messier, Sham V. Nair, Zeev Pancer, David P. Terwilliger, Cavit Ağca, Enrique Arboleda, Nansheng Chen, Allison Churcher, F. Hallböök, Glen Humphrey, Mohammed M. Idris, Takae Kiyama, Shuguang Liang, Dan O Mellott, Xiuqian Mu, Greg Murray, Robert P. Olinski, Florian Raible, Matthew L. Rowe, John S. Taylor, Kristin Tessmar‐Raible, D. Wang, Karen Wilson, Shunsuke Yaguchi, Terry Gaasterland, Blanca E. Galindo, Herath Jayantha Gunaratne, Celina E. Juliano, Masashi Kinukawa, Gary W. Moy, Anna T. Neill, Mamoru Nomura, Michael Raisch, Anna Reade, Michelle M. Roux, Jia L. Song, Yi‐Hsien Su, Ian K. Townley, Ekaterina Voronina, Julian L. Wong, Gabriele Amore, Margherita Branno, Euan R. Brown, Vincenzo Cavalieri, Véronique Duboc, Louise Duloquin, Constantin N. Flytzanis, Christian Gache, François Lapraz, Thierry Lepage, Annamaria Locascio, Pedro Martı́nez, Giorgio Matassi, Valeria Matranga, Ryan Range, Francesca Rizzo, Eric Röttinger, Wendy S. Beane, Cynthia A. Bradham, Christine A. Byrum, Tom Glenn, Sofia Hussain, Gerard Manning, Esther Miranda, Rebecca T. Thomason, Katherine D. Walton, Athula Wikramanayke, Shu-Yu Wu, Ronghui Xu, C. Titus Brown, Li-Li Chen, Rachel F. Gray, Pei Yun Lee, Jongmin Nam, Paola Oliveri, Joel Smith, Donna M. Muzny, Stephanie Bell, Joseph Chacko, Andrew Cree, Stacey Curry, Clay Davis, Huyen Dinh, Shannon Dugan-Rocha, Jerry Fowler, Rachel Gill, Cerrissa Hamilton, Judith Hernandez, Sandra Hines, Jennifer Hume, LaRonda Jackson, Angela Jolivet, Christie Kovar, Lora Lewis, George Miner, Margaret Morgan, Lynne V. Nazareth, Geoffrey Okwuonu, David L. Parker, Lingling Pu, R. Greg Thorn, Rita Wright

Notice bibliographique

RevueScience · 2006
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueEchinoderm biology and ecology
Établissements canadiensSunnybrook Health Science CentreSimon Fraser UniversityUniversity of Victoria
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute of Environmental Health SciencesNational Institute on Deafness and Other Communication DisordersNational Eye InstituteNational Human Genome Research InstituteBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilNational Center for Research ResourcesNational Institute of General Medical SciencesDirectorate for Biological SciencesNational Cancer InstituteNational Institutes of Health
Mots-clésStrongylocentrotus purpuratusBiologyGenomeSea urchinEvolutionary biologyEchinodermVertebrateGeneticsShotgun sequencingDeuterostomeChordateWhole genome sequencingComputational biologyGeneEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We report the sequence and analysis of the 814-megabase genome of the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus, a model for developmental and systems biology. The sequencing strategy combined whole-genome shotgun and bacterial artificial chromosome (BAC) sequences. This use of BAC clones, aided by a pooling strategy, overcame difficulties associated with high heterozygosity of the genome. The genome encodes about 23,300 genes, including many previously thought to be vertebrate innovations or known only outside the deuterostomes. This echinoderm genome provides an evolutionary outgroup for the chordates and yields insights into the evolution of deuterostomes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,003
Tête enseignante GPT0,164
Écart entre enseignants0,160 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1 154
Publié2006
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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