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Enregistrement W2155823893 · doi:10.1128/jb.01144-10

Genome Sequence of the Obligate Methanotroph <i>Methylosinus trichosporium</i> Strain OB3b

2010· article· en· W2155823893 sur OpenAlexaff
Lisa Y. Stein, Sukhwan Yoon, Jeremy D. Semrau, Alan A. DiSpirito, Andrew T. Crombie, J. Colin Murrell, Stéphane Vuilleumier, Marina Kalyuzhnaya, Huub J. M. Op den Camp, Françoise Bringel, David Bruce, Jan‐Fang Cheng, Alex Copeland, Lynne Goodwin, Cliff Han, Loren Hauser, Mike S. M. Jetten, Aurélie Lajus, Miriam Land, Alla Lapidus, Susan Lucas, Claudine Médigue, Samuel Pitluck, Tanja Woyke, Ahmet Zeytun, Martin G. Klotz

Notice bibliographique

RevueJournal of Bacteriology · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMicrobial metabolism and enzyme function
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesOffice of ScienceJoint Genome InstituteInfrastructures en Biologie Santé et AgronomieUniversity of LouisvilleU.S. Department of EnergyNational Science Foundation
Mots-clésMethane monooxygenaseMethanotrophBiologyContext (archaeology)ObligateStrain (injury)Obligate anaerobeMicrobiologyBiochemistryAnaerobic oxidation of methaneGeneticsEnzymeBacteriaBotanyCatalysis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Methylosinus trichosporium OB3b (for "oddball" strain 3b) is an obligate aerobic methane-oxidizing alphaproteobacterium that was originally isolated in 1970 by Roger Whittenbury and colleagues. This strain has since been used extensively to elucidate the structure and function of several key enzymes of methane oxidation, including both particulate and soluble methane monooxygenase (sMMO) and the extracellular copper chelator methanobactin. In particular, the catalytic properties of soluble methane monooxygenase from M. trichosporium OB3b have been well characterized in context with biodegradation of recalcitrant hydrocarbons, such as trichloroethylene. The sequence of the M. trichosporium OB3b genome is the first reported from a member of the Methylocystaceae family in the order Rhizobiales.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,015
Score d'incertitude au seuil0,029

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,232
Écart entre enseignants0,222 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations109
Publié2010
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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