MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2163524749 · doi:10.1126/science.1132894

Draft Genome Sequence of the Sexually Transmitted Pathogen <i>Trichomonas vaginalis</i>

2007· article· en· W2163524749 sur OpenAlexaff
Jane M. Carlton, Robert P. Hirt, Joana C. Silva, Arthur L. Delcher, Michael C. Schatz, Qi Zhao, Jennifer R. Wortman, Shelby Bidwell, U. Cecilia M. Alsmark, Sébastien Besteiro, Thomas Sicheritz‐Pontén, Christophe Noël, Joel B. Dacks, Peter G. Foster, Cédric Simillion, Yves Van de Peer, Diego Miranda‐Saavedra, Geoffrey J. Barton, Gareth D. Westrop, Sylke Müller, Daniele Dessì, Pier Luigi Fiori, Qinghu Ren, Ian T. Paulsen, Hanbang Zhang, Felix Bastida, Augusto Simões-Barbosa, Mark T. Brown, Richard D. Hayes, Mandira Mukherjee, Cheryl Okumura, Rachel Schneider, Alias Smith, Maria Villalvazo, Brian J. Haas, Mihaela Pertea, Tamara V. Feldblyum, Terry Utterback, Chung-Li Shu, Kazutoyo Osoegawa, Pieter J. de Jong, Ivan Hrdý, Lenka Horváthová, Zuzana Zubáčová, Pavel Doležal, Shehre-Banoo Malik, John M. Logsdon, Katrin Henze, Arti Gupta, Ching C. Wang, Rebecca Dunne, Jacqueline Upcroft, Peter Upcroft, Owen White, Steven L. Salzberg, Petrus Tang, Cheng‐Hsun Chiu, Ying‐Shiung Lee, T. Martin Embley, Graham H. Coombs, Jeremy C. Mottram, Jan Tachezy, Claire M. Fraser, Patricia J. Johnson

Notice bibliographique

RevueScience · 2007
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueParasitic Infections and Diagnostics
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Institutes of HealthU.S. National Library of MedicineChang Gung Medical FoundationUniversity of GlasgowDirectorate for Biological SciencesDanmarks Tekniske UniversitetEuropean Molecular Biology LaboratoryWellcome TrustEllison Medical Foundation
Mots-clésBiologyGenomeTrichomonas vaginalisGeneticsTrichomonasGeneTransposable elementWhole genome sequencingHorizontal gene transfer

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We describe the genome sequence of the protist Trichomonas vaginalis, a sexually transmitted human pathogen. Repeats and transposable elements comprise about two-thirds of the approximately 160-megabase genome, reflecting a recent massive expansion of genetic material. This expansion, in conjunction with the shaping of metabolic pathways that likely transpired through lateral gene transfer from bacteria, and amplification of specific gene families implicated in pathogenesis and phagocytosis of host proteins may exemplify adaptations of the parasite during its transition to a urogenital environment. The genome sequence predicts previously unknown functions for the hydrogenosome, which support a common evolutionary origin of this unusual organelle with mitochondria.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,011
Score d'incertitude au seuil0,029

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0090,009

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,271
Écart entre enseignants0,258 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations840
Publié2007
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueScienceMême sujetParasitic Infections and DiagnosticsTravaux en français237 207