Screening of candidate adenovirus expressing shRNAs for functional recovery of dF508-CFTR
Notice bibliographique
Résumé
Devising molecular strategies that overcome ΔF508 folding and trafficking defects comprise a central objective of CF therapeutic development. An understanding of disease mechanisms can be improved by new method(s) and/or compounds that redirect ΔF508-CFTR to the plasma membrane. RNA interference (siRNA) mediated knock-down of gene expression has proven to be a powerful tool for investigating protein function(s) and advancing drug discovery. BioFocus (a Galapagos company) has developed adenoviral vectors expressing small hairpin RNAs (shRNAs) for genomewide functional screening that allow robust transduction and durable gene repression. In this project, sixty-eight adenoviral-shRNA constructs (targeting 28 high priority genes) were provided by BioFocus to five collaborating laboratories in the United States and Canada. Putative gene targets were identified by a consortium-based review of the existing CF literature. Each research group established independent protocols to investigate effect(s) of gene knock-down (via Ad-shRNA) on ΔF508-CFTR maturation. Protocols included 1) A study of CF bronchial epithelial cells expressing the halide sensitive variant of eYFP and measurement of ΔF508-CFTR activity at the cell surface. 2) Short circuit current in primary human bronchial epithelial cells (ΔF508/ΔF508), 3) Appearance of rescued ΔF508 CFTR at the plasma membrane in CF bronchial epithelial cells monitored biochemically, 4) Effects on CFTR-dependent release of inflammatory markers (chemokines and cytokines) from IB3 cells (ΔF508/W1282X), and 5) Short circuit current and Western blotting in CFBE cells transduced with lentivirus encoding ΔF508-CFTR. Preliminary results indicate significant activity of BioFocus shRNAs in several of the independent protocols and laboratories, particularly against gene products such as AHSA1 and 2 (activators of HSP 90) and HDAC7A (a member of the histone deacetylase family). A profile of shRNAs found to improve ΔF508 processing, including spectrum of activity data and gene-network annotation of the relevant pathways, will be presented. Identifying the most robust molecular targets for ΔF508 CFTR correction (from among hundreds of candidates in the CFTR “interactome”) has been limited by the complexity of the relevant cellular pathways. The studies described here provide a means by which chaperones and other contributors to CFTR misprocessing can be evaluated, prioritized, and better understood in the future for development of new therapeutic approaches and delineating genetic modifiers that contribute to variation in severity of CF onset and disease progression. The project represents a collaboration among members of the CFTR Folding Consortium. Supported by the CFF and NIH.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».