MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2254619066 · doi:10.1093/protein/gzv044

Development and characterization of cyclodextrin glucanotransferase as a maltoheptaose-producing enzyme using site-directed mutagenesis

2015· article· en· W2254619066 sur OpenAlexaff
Ye-Seul Koo, Hye‐Yeon Jeon, Hye-Jeong Choi, Woo‐Jae Choung, Jae‐Hoon Shim

Notice bibliographique

RevueProtein Engineering Design and Selection · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEnzyme Production and Characterization
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesHallym UniversityNational Research Foundation
Mots-clésSaturated mutagenesisChemistryHydrolysisCyclodextrinEnzyme kineticsResidue (chemistry)MutagenesisEnzymeSite-directed mutagenesisStereochemistryMutantSubstrate (aquarium)Active siteDirected evolutionBiochemistryBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cyclodextrin glucanotransferase (CGTase; EC 2.4.1.19) mainly produces cyclodextrins (CDs) using linear maltooligosaccharides. We performed site-directed saturation mutagenesis on the +1 substrate-binding residue, H233, of CGTase from alkalophilic Bacillus sp. I-5 to prepare specific-length oligosaccharides. The obtained mutant CGTase, H233Y, primarily produced maltoheptaose (G7) using β-CD via a hydrolysis reaction. A kinetic study of H233Y showed that the kcat/Km value of β-CD was 7-fold greater than that of G7, which accounts for the accumulation of G7 during the H233Y enzyme reaction. A structure comparison of CGTases with H233Y modeling suggests that the substitution of H233Y may alter the position of the +1 subsite and slow the further hydrolysis of G7 after the ring-opening reaction.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,215
Écart entre enseignants0,197 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueProtein Engineering Design and SelectionMême sujetEnzyme Production and CharacterizationTravaux en français237 207