The CrkRS/CDK12 kinase is activated by a novel isoform of Cyclin K and phosphorylates the C‐terminal domain of RNA Pol II
Notice bibliographique
Résumé
CrkRS (Cdc2‐related kinase, Arg/Ser), or CDK12 (Cyclin Dependent Kinase 12), is a ser/thr kinase believed to coordinate transcription and RNA splicing. While CrkRS complexes were known to phosphorylate the C‐Terminal Domain (CTD) of RNA Pol II, the responsible cyclin was not known. However, others showed that co‐expression of CrkRS and Cyclin L could affect the alternative splicing of a model substrate. Using immunoprecipitation and mass spectrometry (IP‐MS), we identified the protein constituents of endogenous CrkRS complexes. In addition to several spliceosome‐related proteins, we identified a novel 65 kDa isoform of Cyclin K, whereas the known isoform is 43 kDa. We did not observe Cyclin L. Previously, endogenous Cyclin K complexes were known to phosphorylate the CTD, yet the responsible kinase was not identified. Using yeast‐two hybrid and co‐expression experiments others identified CDK9 as a Cyclin K partner and that CDK9/Cyclin K could regulate transcription. Using IP‐MS, we show that Cyclin K complexes isolated from mammalian cells contain CrkRS but do not contain CDK9, and that CDK9 complexes contain Cyclin T1 and not Cyclin K, within detection limits. The co‐expression of CrkRS with either isoform of Cyclin K showed increased CTD kinase activity compared to controls. Our data suggest the primary cyclin partner for CrkRS is Cyclin K and that Cyclin K is sufficient to activate CrkRS to phosphorylate the CTD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».