1435Development and Validation of a Diagnostic Real-time PCR Assay for the Rapid and Accurate Detection of Pneumocystis jirovecii from Bronchoalveolar Lavage Fluid Samples
Notice bibliographique
Résumé
Background. Pneumocystis jirovecii causes severe interstitial pneumonia called Pneumocystis pneumonia (PcP) among immunocompromised patients. Laboratory diagnosis of PcP currently relies on direct microscopic examination of respiratory specimens. The purpose of this study was to develop and validate an in-house PCR Assay for the rapid, reliable, and accurate detection of Pneumocystis jirovecii from bronchoalveolar lavage fluid (BALF) samples. Methods. This study analyzed 92 BALF samples sent to Calgary Laboratory Services (CLS) between May 2011 and September 2012 for detection of P.jirovecii. DNA from the BALF samples was subjected to an in-house real-time PCR assay targeting the mitochondrial large subunit ribosomal RNA gene. Results were compared to the existing gold standard immunofluorescence assay (IFA) at CLS. Discrepant positive PCR samples were sent to St. Paul's hospital (SPH, Vancouver) for repeat PCR testing through their in-house PCR assay. Test characteristics were re-calculated using a modified gold standard that defined a positive test as one that was positive through both PCR assays in an immunocompromised patient. Results. Results: 54% of the samples were derived from immunosuppressed patients. The immunosuppressed samples included those with HIV (18%), malignancies (28%), solid-organ transplants (46%), hematopoietic stem cell transplant (4%), and others (4%). 13 of the 92 samples tested positive with the IFA at CLS. The in-house PCR assay identified an additional 7 positive samples, besides confirming the positivity of the previous 13 samples. Using the IFA as the available gold standard, the sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) of the PCR assay was 100%, 91%, 65%, and 100% respectively. The 7 additional positive samples were subsequently confirmed as true positives through an independent PCR assay at SPH. Using the modified gold standard, the sensitivity, specificity, PPV, and NPV of PCR assay were all 100%. In comparison, the IFA had a sensitivity, specificity, PPV and NPV of 65%, 100%, 100%, and 91%, respectively Conclusion. The in-house real-time PCR assay aids in the rapid and accurate diagnosis of PcP from BALF samples, with a considerable increase in sensitivity as compared to the currently existing IFA at CLS. Disclosures. All authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».