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Enregistrement W2765332035 · doi:10.1073/pnas.1711310114

CRISPR/Cas9 knockouts reveal genetic interaction between strain-transcendent erythrocyte determinants of <i>Plasmodium falciparum</i> invasion

2017· article· en· W2765332035 sur OpenAlexfundno aff
Usheer Kanjee, Christof Grüring, Mudit Chaand, Kai‐Min Lin, Elizabeth S. Egan, Jale Manzo, Patrick L. Jones, Tiffany M. Yu, Robert H. Barker, Michael P. Weekes, Manoj T. Duraisingh

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein Degradation and Inhibitors
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesCanadian Institutes of Health ResearchGovernment of CanadaNational Institutes of HealthNational Heart, Lung, and Blood InstituteSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungWellcome Trust
Mots-clésBiologyGene knockoutCRISPRCD44Plasmodium falciparumGeneHaematopoiesisGenetic screenGenome editingRNA interferenceGeneticsCell biologyPhenotypeStem cellImmunologyCellMalariaRNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Significance During malaria infections, Plasmodium falciparum parasites invade RBCs. Identification of host factors for parasite invasion guides the development of vaccines and host-targeted therapeutics. Here we describe the development of an in vitro culture system for the functional analysis of RBC determinants using the immortal erythroleukemia cell line JK-1. JK-1 cells can be induced to differentiate synchronously, support parasite invasion, and are amenable to genetic manipulation. Using this system, we validated two host factors, basigin and CD44, as strain-transcendent host factors for parasite invasion, and we demonstrated a functional interaction between these two proteins. The ability to perform gene editing to produce RBC mutants will augment our ability to study malaria infection.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,105
Score d'incertitude au seuil0,311

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,056
Tête enseignante GPT0,339
Écart entre enseignants0,283 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations65
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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