CSIG-15. PROTEOMIC AND PHOSPHOPROTEOMIC ANALYSIS OF HUMAN MEDULLOBLASTOMA REVEALS DISTINCT ACTIVATED PATHWAYS BETWEEN SUBGROUPS
Notice bibliographique
Résumé
Deregulations in fundamental signaling pathways are key events in pathogenesis of cancer. One intriguing illustration that still holds blind spots is the pediatric brain tumor arising from the developing cerebellum: medulloblastoma (MB). Extensive high-throughput sequencing led to the characterization of four MB subgroups (WNT, SHH, Group 3 and Group 4) delineated with distinct molecular signatures and clinical outcomes. However, up-to-date these analyses have not attained the global comprehension of their dynamic network complexity. Wishing to get a comprehensive view of all MB subgroups we employed a multi-scale analysis to integrate genomic copy number (CN), DNA methylation, mRNA, protein and phosphorylation levels across 38 flash frozen primary human MBs (5 WNT, 10 SHH, 10 Group 3 and 13 Group 4). Our proteomic analysis allows to distinguish the four MB subgroups. Interestingly, Group 4 MB is particularly distinguishable from the other subgroups based on phosphorylation profile. Moreover, integration of all omic layers by similarity network fusion allowed precise definition of the four subgroups. Correlation studies between CN, RNA and protein levels showed convergent effects of CN alterations toward cell cycle, RNA and nucleotide metabolism. Importantly, protein levels were poorly predicted by levels of corresponding mRNA with consequence on active pathway prediction. This observation was of particular importance in Group 4 MB in which protein and phosphorylation levels allowed the identification of pathways that were unable to be predicted by RNA data. Ultimately, this led us to the characterization of potential biomarkers of Group 4 MB and promising targetable pathways across subgroups. Altogether, combined multi-scale analyses of MB have allowed us to identify and prioritize novel molecular drivers involved in human MB genesis and progression.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».