Conformational Preference and Fluorescence Response of a C-Linked C8-Biphenyl-Guanine Lesion in the <i>Nar</i>I Mutational Hotspot: Evidence for Enhanced <i>Syn</i> Adduct Formation
Notice bibliographique
Résumé
Aromatic chemical carcinogens can undergo enzymatic transformations to produce a range of electrophilic species that attach covalently to the C8-site of 2′-deoxyguanosine (dG) to afford C8-dG adducts. The most studied C8-dG adducts are formed from arylamines and contain a N-linkage separating the dG from the C8-aryl moiety. Other carcinogenic species result in direct aryl ring attachment to the dG moiety, resulting in C-linked adducts. The resulting C-linked adducts have reduced conformational flexibility compared to the corresponding N-linked C8-dG adducts, which can alter their orientation in the DNA duplex. Described herein are structural studies of a fluorescent C-linked 4-fluorobiphenyl-dG (FBP-dG) that has been incorporated into the reiterated G 3 -postion of the 12-mer Nar I sequence and those containing other 5′-flanking nucleobases. FBP-dG displays a strong preference for adopting a syn conformation in the fully paired Nar I duplex to produce an intercalated structure that exhibits stacking interactions between the C-linked biphenyl and the flanking bases. FBP-dG is also shown to significantly stabilize the slippage mutagenic intermediate (SMI) duplex containing the lesion and 5′-flanking base within a 2-base bulge. FBP-dG exhibits fluorescence sensitivity to SMI duplex formation that can readily distinguish it from the fully paired duplex. Molecular dynamics simulations and optical spectroscopy for the Nar I oligonucleotides containing the C-linked FBP-dG predict increased rigidity of the biphenyl in the syn conformation. The greater propensity to generate the promutagenic syn conformation for the C-linked FBP-dG adduct compared to the N-linked 4-aminobiphenyl-dG adduct (ABP-dG) suggests greater mutagenicity for the C-linked analogue. These results highlight the effect of the adduct linkage type on the conformational properties of adducted DNA. The turn-on emission response of FBP-dG in the SMI duplex may be a powerful tool for monitoring SMI formation in the Nar I sequence upon synthesis with DNA polymerases.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
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