A35 GENOME WIDE ASSOCIATION STUDY OF ABNORMAL INTESTINAL PERMEABILITY IN HEALTHY FIRST DEGREE RELATIVES OF CROHN’S PATIENTS
Notice bibliographique
Résumé
Increased intestinal permeability (IP) is thought to be a risk factor for the development of inflammatory bowel disease (IBD). Our recent study has demonstrated that known IBD risk-associated single nucleotide polymorphisms (SNPs) were not associated with IP, while smoking status and age were two independent factors associated with increased IP. To identify other genetic loci influencing IP, we performed a genome wide association study (GWAS) among healthy first-degree relatives of CD patients with increased and normal IP. IP was measured with high-pressure liquid chromatography of timed urine collection after ingestion of two saccharide probes, lactulose and mannitol. For each subject, the lactulose–mannitol ratio (LacMan ratio) was calculated as the fractional excretion of lactulose divided by that of mannitol. A LacMan ratio >0.025 was considered as abnormal IP. Genotyping was performed using the HumanCoreEXOME chip and ImmunoChip platform. Imputation was performed using the Michigan server using the Haplotype Reference Consortium v1.1 panel. Imputation was quality controlled and SNPs with a minor allele frequency < 5% or R square <0.3 were removed. Associations were tested using the gee framework that accounts for family correlation, age (age squared), gender, smoking, and the first three genetic principal components. LacMan ratio was log(10) transformed before statistical analysis. A total of 1,075 healthy individuals enrolled in the Gene-environment-microbe (GEM) cohort study with both IP and genotyping data were included. In this cohort 17.8% of individuals had abnormal IP. A total of 7.8 million SNPs were imputed and 5.7 million SNPs were included in the analysis after quality control. When the data were not dichotomized (abnormal versus normal IP) the genomic inflation was of 1.03 compared to 1.04 using dichotomized data. No SNP reached genome wide significance (P> 5 × 10–8). However 58 loci showed suggestive associations e.g. SGCG, RBFOX3, PSMG1, DAB2, SVIL (p<9.1 × 10–6). We did not find robust genetic wide associations with IP. Although multivariate analysis controlling for major contributing factors to IP showed only a few SNP with nominal association these failed to reach the conventional GWAS threshold (P< 5 × 10–8). This may be due to the power of the study with only 1,075 subjects. Submitted on behalf of behalf of the CCC IBD GEM Project research team. CCC, CIHRThe Helmsley Charitable Trust
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».