Assessing Individual Neuronal Activity Across the Intact Brain: Using Hybridization Chain Reaction (HCR) to Detect<i>Arc</i>mRNA Localized to the Nucleus in Volumes of Cleared Brain Tissue
Notice bibliographique
Résumé
Arc (activity-regulated cytoskeleton-associated protein) is an immediate early gene that may be used to label recently active neurons. Arc is transcribed following neuronal activity, and its mRNA is then rapidly transported to dendrites. This feature allows nuclear-localized Arc mRNA to define ensembles of recently active neurons in systems or circuit neuroscience. However, typical in situ hybridization techniques severely constrain the thickness of the tissue specimen (typically 20-µm brain slices). Here, we describe a protocol for visualizing intranuclear Arc mRNA in large (4 × 4 × 3 mm) volumes of intact mouse brain tissue. We combined a tissue clearing protocol (iDISCO+) with an advanced in situ hybridization technique (hybridization chain reaction [HCR]) to detect nuclear-localized Arc mRNA in whole, intact brain regions without the need for brain sectioning or reconstruction. We successfully applied this protocol to image ensembles of neurons of the basolateral amygdala in mice that are active following the recall of a conditioned fear memory. © 2018 by John Wiley & Sons, Inc.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».