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Enregistrement W2886497950 · doi:10.1038/s41467-018-05427-7

Identification of nine new susceptibility loci for endometrial cancer

2018· article· en· W2886497950 sur OpenAlexafffund
Tracy A. O’Mara, Dylan M. Glubb, Frédéric Amant, Daniela Annibali, Katie A. Ashton, John Attia, Paul L. Auer, Matthias W. Beckmann, Amanda Black, Manjeet K. Bolla, Hiltrud Brauch, Hermann Brenner, Louise A. Brinton, Daniel D. Buchanan, Barbara Burwinkel, Jenny Chang‐Claude, Stephen J. Chanock, Chu Chen, Maxine Chen, Timothy Cheng, Christine L. Clarke, Mark Clendenning, Linda S. Cook, Fergus J. Couch, Angela Cox, Marta Crous‐Bou, Kamila Czene, Felix R. Day, Joe Dennis, Jeroen Depreeuw, Jennifer A. Doherty, Thilo Dörk, Sean C. Dowdy, Matthias Dürst, Arif B. Ekici, Peter A. Fasching, Brooke L. Fridley, Christine M. Friedenreich, Lin Fritschi, Jenny N. Fung, Montserrat García‐Closas, Mia M. Gaudet, Graham G. Giles, Ellen L. Goode, Maggie Gorman, Christopher A. Haiman, Per Hall, Susan E. Hankison, Catherine S. Healey, Alexander Hein, Peter Hillemanns, Shirley Hodgson, Erling A. Høivik, Elizabeth Holliday, John L. Hopper, David J. Hunter, Angela Jones, Camilla Krakstad, Vessela N. Kristensen, Diether Lambrechts, Loı̈c Le Marchand, Xiaolin Liang, Annika Lindblom, Jolanta Lissowska, Jirong Long, Lingeng Lu, Anthony M. Magliocco, Lynn Martin, Mark McEvoy, Alfons Meindl, Kyriaki Michailidou, Roger L. Milne, Miriam Mints, Grant W. Montgomery, Rami Nassir, Håkan Olsson, Irene Orlow, Geoffrey Otton, Claire Palles, John R. B. Perry, Julian Peto, Loreall Pooler, Jennifer Prescott, Tony Proietto, Timothy R. Rebbeck, Harvey A. Risch, Peter A. W. Rogers, Matthias Rübner, Ingo B. Runnebaum, Carlotta Sacerdote, Gloria E. Sarto, Fredrick R. Schumacher, Rodney J. Scott, Veronica Wendy Setiawan, Mitul Shah, Xin Sheng, Xiao‐Ou Shu, Melissa C. Southey, Anthony J. Swerdlow, Emma Tham, Jone Trovik, Constance Turman, Jonathan P. Tyrer, Celine M. Vachon, David VanDen Berg, Adriaan Vanderstichele, Zhaoming Wang, Penelope M. Webb, Nicolas Wentzensen, Henrica M.J. Werner, Stacey J. Winham, Alicja Wolk, Lucy Xia, Yong‐Bing Xiang, Hannah Yang, Herbert Yu, Wei Zheng, Paul D.P. Pharoah, Alison M. Dunning, Peter Kraft, Immaculata De Vivo, Ian Tomlinson, Douglas F. Easton, Amanda B. Spurdle, Deborah J. Thompson

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer-related molecular mechanisms research
Établissements canadiensAlberta Health Services
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Health and Medical Research CouncilMedical Research CouncilNational Institutes of HealthVincent Fairfax Family FoundationHaukeland UniversitetssjukehusNorges ForskningsrådUniversitetet i BergenHelse VestEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentKarolinska InstitutetCancer Council QueenslandMinisterio de Economía y CompetitividadCanadian Institutes of Health ResearchCancerfondenAgency for Science, Technology and ResearchHunter Medical Research InstituteNational Institute on AgingNational Institute for Health and Care ResearchNational Heart, Lung, and Blood InstituteFred C. and Katherine B. Andersen FoundationCancer Research UKWellcome TrustBreast Cancer Research FoundationUniversity of CambridgeKreftforeningenU.S. Public Health ServiceGenome CanadaMayo Foundation for Medical Education and ResearchCancer Council TasmaniaBrigham and Women's HospitalWomen's Health InitiativeRoswell Park Cancer InstituteFred Hutchinson Cancer Research CenterU.S. Department of Health and Human ServicesOvarian Cancer Research FundStockholms Läns LandstingQIMR Berghofer Medical Research InstituteEuropean CommissionSusan G. Komen for the Cure
Mots-clésEndometrial cancerGenome-wide association studyExpression quantitative trait lociLocus (genetics)BiologyQuantitative trait locusGeneticsAlleleGenetic associationCandidate geneGeneGenotypeColorectal cancerCancerSingle-nucleotide polymorphism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Endometrial cancer is the most commonly diagnosed cancer of the female reproductive tract in developed countries. Through genome-wide association studies (GWAS), we have previously identified eight risk loci for endometrial cancer. Here, we present an expanded meta-analysis of 12,906 endometrial cancer cases and 108,979 controls (including new genotype data for 5624 cases) and identify nine novel genome-wide significant loci, including a locus on 12q24.12 previously identified by meta-GWAS of endometrial and colorectal cancer. At five loci, expression quantitative trait locus (eQTL) analyses identify candidate causal genes; risk alleles at two of these loci associate with decreased expression of genes, which encode negative regulators of oncogenic signal transduction proteins (SH2B3 (12q24.12) and NF1 (17q11.2)). In summary, this study has doubled the number of known endometrial cancer risk loci and revealed candidate causal genes for future study.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,003
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,382
Écart entre enseignants0,353 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations326
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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