Genomic characterization of IMP and VIM carbapenemase-encoding transferable plasmids of Enterobacteriaceae
Notice bibliographique
Résumé
Objectives: IMP and VIM carbapenemases, in association with class 1 integrons, have spread globally among multiple Enterobacteriaceae species. We characterized IMP- and VIM-encoding transferable plasmids of clinical Enterobacteriaceae collected from two global surveillance programmes. Methods: We performed conjugation and transformation experiments for 38 IMP and 89 VIM producers. Plasmids, obtained from transconjugants or transformants, were sequenced with Illumina next-generation sequencing and analysed for replicon types and antimicrobial resistance genes. Results: A total of 41 transconjugants (blaIMP, n = 22; blaVIM, n = 19) and 10 transformants (blaIMP, n = 1; blaVIM, n = 9) were obtained. Broad-host-range IncL/M, IncC and IncN plasmids were associated with blaIMP and blaVIM, contained various integrons and showed inter-species and international distribution. Narrow-host-range IncFII(K) plasmids were limited to Klebsiella pneumoniae with blaIMP-26 from the Philippines, while IncR and IncHI1B-IncFIB(Mar) plasmids were restricted to K. pneumoniae with blaVIM from Greece and Spain. IncA-like hybrid plasmids were detected in Enterobacter xiangfangensis from Italy and K. pneumoniae from Spain. Transferable plasmids were major contributors of antimicrobial resistance genes among Enterobacteriaceae with blaIMP and blaVIM. Conclusions: This is the first report, to the best of our knowledge, describing blaIMP on IncFII(K) plasmids and blaVIM on IncL/M, IncN2, IncHI1B-IncFIB(Mar) and IncX3-IncC-like plasmids and showed that broad-host-range and narrow-host-range plasmids have contributed to the global spread of blaIMP and blaVIM among different species. This study highlights the importance of molecular analysis of plasmids in providing insight into horizontal spread of these carbapenemases.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».