Clonotypic Heterogeneity In Cutaneous T-Cell Lymphoma Revealed By Comprehensive Whole Exome/Transcriptome Sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Mycosis fungoides (MF), the most common type of cutaneous T-cell lymphoma, is believed to represent a clonal expansion of a transformed skin resident memory T-cell. T-cell receptor (TCR) clonality (i.e. identical sequences of rearranged TCRα, β and γ), the key premise of this hypothesis, has been difficult to document conclusively because malignant cells are not readily distinguishable from the tumor infiltrating, reactive lymphocytes, which contribute to the TCR clonotypic repertoire of MF. Here we have successfully adopted the technique of targeted whole exome and whole transcriptome sequencing (WES/WTS) to identify the repertoire of rearranged TCR genes in tumor enriched samples from patients with MF. Although most of the investigated biopsies of MF had the expected monoclonal rearrangements of TCRγ of the frequency corresponding to the frequency of tumor cells, in half of the samples we detected multiple (up to seven) TCRα and -β clonotypes by WES and WTS. Our findings are compatible with the model in which the initial malignant transformation in MF does not occur in mature, memory T-cells but rather at the level of T-lymphocyte progenitor after TCRγ rearrangement but before TCRβ or TCRα rearrangements. The WES/WTS method is potentially applicable to other types of T-cell lymphomas and enables comprehensive characterization of the TCR repertoire and mutational landscape in these malignancies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».