Integrative molecular profiling and response to chemotherapy on the COMPASS trial.
Notice bibliographique
Résumé
188 Background: Predictive mutational and transcriptional features in advanced PDAC are needed for improved patient stratification and treatment selection. Methods: Patients (pts) on the COMPASS trial with advanced PDAC are prospectively recruited prior to first-line chemotherapy for WGS and RNAseq. Tumor tissue undergoes enrichment by laser capture microdissection with genomic analyses available within eight wks. Tumor responses and clinical outcomes in this maturing cohort were correlated with molecular characteristics. Results: 157 pts underwent a tumor biopsy between Dec 2015 and Jul 2018 with over 95% success in achieving results. 141 genomes have been reported in pts planned to receive chemotherapy; the median time from biopsy to report was 35.5 days. In the ITT population,118 pts are summarised for first-line response. The median age was 63 yrs (29-81), 55% were male, and 16% had locally advanced disease. 66 (56%) received modified FFX as first-line treatment. 25 (21%) tumors displayed the Moffitt basal-like RNA signature which associated with chemotherapy resistance, with tumor shrinkage mainly observed in the classical RNA subtype (p = 0.002). GATA6 expression (log10 scale) clearly separated Moffitt subgroups with classical tumors exhibiting high expression (p < 0.0001). GATA6 in situ hybridization strongly correlated with RNAseq, (r = 0.89, p < 0.001) with strong correlation also seen with GATA6 IHC. The median overall survival (OS) in the classical group was 8.5 mths vs. 6.6 mths in the basal-like group (HR 0.53, 95% CI 0.32-0.89 p = 0.015). In those treated with mFFX, median OS was 10.1mths in classical versus 6.6mths in the basal-like subtypes, (HR 0.32, 95% CI 0.16-0.63, p=0.001). 30% of pts had potentially actionable genetic alterations including BRAF variants (n = 4) and an NTRK3-EML4 fusion in KRAS WT tumors (8%). Signatures of homologous recombination deficiency (HRD) were found in seven pts; two additional pts with BRCA germline variants did not exhibit somatic HRD hallmarks. Conclusions: Subsets of pts with advanced PDAC have actionable variants including those with HRD signatures and patients with KRAS WT tumors. GATA6 is a putative predictive biomarker of transcriptomic subgroups which should be incorporated in clinical trials. Clinical trial information: NCT02750657.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».