Initial Excited-State Structural Dynamics of dT and dA Oligonucleotide Homopentamers Using Resonance Raman Spectroscopy
Notice bibliographique
Résumé
Photochemical damage of DNA is initiated by absorption of ultraviolet light, and the photoproducts are formed as a result of excited-state structural and electronic dynamics. We have used UV resonance Raman spectroscopy to measure the initial excited-state structural dynamics of homopentamers of adenosine monophosphate (3'-dApdApdApdApdAp-5') and thymidine monophosphate (3'-dTpdTpdTpdTpdTp-5') and compare them to those of the monomeric nucleobases. The resonance Raman spectra of the homopentamers are similar to those of the corresponding monomers. Initial excited-state slopes, homogeneous and inhomogeneous broadening, and other excited-state parameters were extracted by self-consistent simulation of the resonance Raman excitation profiles and absorption spectra with a time-dependent formalism and are also similar to the initial excited-state slopes and broadening in the nucleotide monomers. The lack of differences between the initial excited-state structural dynamics of the nucleotides within the pentamer and the isolated nucleobases is consistent with a model in which the formation of photochemical products in oligonucleotides and DNA is dependent on the formation of the transition-state structure within these polymers, dictated by their large-scale dynamics. These results are discussed in light of the known photochemistry of DNA and the nucleobases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».