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Enregistrement W2938667012 · doi:10.1101/602516

Within-family studies for Mendelian randomization: avoiding dynastic, assortative mating, and population stratification biases

2019· preprint· en· W2938667012 sur OpenAlexfundno aff
Ben Brumpton, Eleanor Sanderson, Fernando Pires Hartwig, Sean Harrison, Gunnhild Åberge Vie, Yoonsu Cho, Laura D Howe, Amanda Hughes, Dorret I. Boomsma, Alexandra Havdahl, John L. Hopper, Michael C. Neale, Michel G. Nivard, Nancy L. Pedersen, Chandra A. Reynolds, Elliot M. Tucker–Drob, Andrew D. Grotzinger, Laurence J Howe, Tim Morris, Shuai Li, Wei‐Min Chen, Johan Hå‌kon Bjø‌rngaard, Kristian Hveem, Cristen J. Willer, David M. Evans, Jaakko Kaprio, Bjørn Olav Åsvol, George Davey Smith, Bjørn Olav Åsvold, Gibran Hemani, Neil M Davies

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesEconomic and Social Research CouncilMedical Research CouncilFakultet for medisin og helsevitenskap, Norges Teknisk-Naturvitenskapelige UniversitetNorwegian Institute of Public HealthNational Institutes of HealthFaculty of Medicine and Health, University of SydneyKarolinska InstitutetIstituto Superiore di SanitàUniversity of MelbourneUniversity of ExeterQIMR Berghofer Medical Research InstituteSt. Olavs Hospital Universitetssykehuset i TrondheimNorges ForskningsrådAcademy of FinlandStiftelsen Kristian Gerhard JebsenNorges Teknisk-Naturvitenskapelige UniversitetUniversité LavalSchool of Public Health, University of MichiganUniversidad de MurciaWellcome TrustHelse Midt-NorgeUniversity of Bristol
Mots-clésMendelian randomizationAssortative matingPopulation stratificationPopulationMendelian inheritanceCausal inferenceDemographyRandomizationOffspringBiologyGeneticsEconometricsGenotypeBioinformaticsGenetic variantsClinical trialMathematicsGenePregnancySingle-nucleotide polymorphism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Estimates from Mendelian randomization studies of unrelated individuals can be biased due to uncontrolled confounding from familial effects. Here we describe methods for within-family Mendelian randomization analyses and use simulation studies to show that family-based analyses can reduce such biases. We illustrate empirically how familial effects can affect estimates using data from 61,008 siblings from the Nord-Trøndelag Health Study and UK Biobank and replicated our findings using 222,368 siblings from 23andMe. Both Mendelian randomization estimates using unrelated individuals and within family methods reproduced established effects of lower BMI reducing risk of diabetes and high blood pressure. However, while Mendelian randomization estimates from samples of unrelated individuals suggested that taller height and lower BMI increase educational attainment, these effects were strongly attenuated in within-family Mendelian randomization analyses. Our findings indicate the necessity of controlling for population structure and familial effects in Mendelian randomization studies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,116
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,264
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,884
Score d'incertitude au seuil0,615

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,1160,264
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,002
Bibliométrie0,0020,003
Études des sciences et des technologies0,0020,004
Communication savante0,0020,003
Science ouverte0,0030,002
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,037
Tête enseignante GPT0,290
Écart entre enseignants0,253 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
DomaineMéthodes
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations77
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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