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Enregistrement W2981477552 · doi:10.1126/science.aav7188

Multiple sclerosis genomic map implicates peripheral immune cells and microglia in susceptibility

2019· article· en· W2981477552 sur OpenAlexfundno aff
Nikolaos A. Patsopoulos, Sergio E. Baranzini, Adam Santaniello, Parisa Shoostari, Chris Cotsapas, Garrett Wong, Ashley Beecham, Tojo James, Joseph M. Replogle, Ioannis S. Vlachos, Cristin McCabe, Tune H. Pers, Aaron Brandes, Charles C. White, Brendan T Keenan, Maria Cimpean, Phoebe A. Winn, Ioannis-Pavlos Panteliadis, Allison Robbins, Till F. M. Andlauer, Onigiusz Zarzycki, Bénédicte Dubois, An Goris, Helle Bach Søndergaard, Finn Sellebjerg, Per Soelberg Sorensen, Henrik Ullum, Lise Wegner Thørner, Janna Saarela, Isabelle Cournu‐Rebeix, Vincent Damotte, Bertrand Fontaine, Léna Guillot‐Noël, Mark Lathrop, Sandra Vukusic, Achim Berthele, Viola Pongratz, Dorothea Buck, Christiane Gasperi, Christiane Graetz, Verena Grummel, Bernhard Hemmer, Muni Hoshi, Benjamin Knier, Thomas Korn, Christina M. Lill, Felix Luessi, Mark Mühlau, Frauke Zipp, Efthimios Dardiotis, Cristina Agliardi, Antonio Amoroso, Nadia Barizzone, Maria Donata Benedetti, Luisa Bernardinelli, Paola Cavalla, Ferdinando Clarelli, Gıancarlo Comı, Daniele Cusi, Federica Esposito, Laura Ferrè, Daniela Galimberti, Clara Guaschino, Maurizio Leone, Vittorio Martinelli, Lucia Moiola, Marco Salvetti, Melissa Sorosina, Domizia Vecchio, Andrea Zauli, Silvia Santoro, Nicasio Mancini, Miriam Zuccalà, Julia Mescheriakova, Cornelia M. van Duijn, Steffan D. Bos, Elisabeth Gulowsen Celius, Anne Spurkland, Manuel Comabella, Xavier Montalbán, Lars Alfredsson, Izaura Lima Bomfim, David Gómez-Cabrero, Jan Hillert, Maja Jagodic, Magdalena Lindén, Fredrik Piehl, Ilijas Jelčić, Roland Martinꝉ, Mirela Sospedra, Amie Baker, Maria Ban, Clive Hawkins, Pirro G. Hysi, Seema Kalra, Fredrik Karpe, Jyoti Khadake, Geneviève Lachance, Paul Molyneux, Matthew Neville, John Thorpe, Elizabeth M. Bradshaw, Stacy J. Caillier, Peter A. Calabresi, Bruce Cree, Anne Cross, Mary F. Davis, Paul W. I. de Bakker, Silvia Delgado, Marieme Dembele, Keith R. Edwards, Kate Fitzgerald, Irene Y. Frohlich, Pierre‐Antoine Gourraud, Jonathan L. Haines, Håkon Håkonarson, Dorlan Kimbrough, Noriko Isobe, Ioanna Konidari, Ellen Lathi, Michelle Lee, Taibo Li, David An, Andrew Zimmer, Lohith Madireddy, Clara P. Manrique, Mitja Mitrovič, Marta Olah, Ellis Patrick, Margaret A. Pericak‐Vance, Laura Piccio, Cathy Schaefer, Howard L. Weiner, Kasper Lage, Alastair Compston, David A. Hafler, Hanne F. Harbo, Stephen L. Hauser, Graeme J. Stewart, Sandra D’Alfonso, Georgios Hadjigeorgiou, Bruce Taylor, Lisa F. Barcellos, David R. Booth, Rogier Hintzen, Ingrid Kockum, Filippo Martinelli Boneschi, Jacob L. McCauley, Jorge R. Oksenberg, Annette Oturai, Stephen Sawcer, Adrian J. Ivinson, Tomas Olsson, Philip L. De Jager

Notice bibliographique

RevueScience · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueT-cell and B-cell Immunology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of Environmental Health SciencesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNIHR Oxford Biomedical Research CentreMenzies Centre for Australian Studies, King's College London, University of LondonMedical Research CouncilNIHR BioResourceLeonard M. Miller School of MedicineNational Institutes of HealthSorbonne UniversitéUK Dementia Research InstituteNational Institute on AgingMenzies Institute for Medical ResearchFundació Institut de Recerca Hospital Universitari Vall d’HebronNovo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic ResearchUniversité de LyonUniversité de NantesFaculty of Health and Medical Sciences, University of Western AustraliaUniversità degli Studi di TorinoUniversidad Pública de NavarraUniversité Claude Bernard Lyon 1H. Lundbeck A/SHospital for Sick ChildrenTechnische Universität MünchenNorges ForskningsrådRigshospitaletKing's College LondonCentre National de la Recherche ScientifiqueVetenskapsrådetKnut och Alice Wallenbergs StiftelseCambridge University HospitalsKU LeuvenFonds Wetenschappelijk OnderzoekYale UniversityKarolinska InstitutetAFA FörsäkringBundesministerium für Bildung und ForschungInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleUniversità degli Studi del Piemonte OrientaleBiogenAgence Nationale de la RechercheNational Institute of General Medical SciencesJohannes Gutenberg-Universität MainzUniversity of TasmaniaStrategiske ForskningsrådUniversity of CambridgeChildren's Hospital of PhiladelphiaMultiple Sclerosis SocietyVlaamse regeringNational Institute for Health and Care ResearchKeele UniversityUniversité de LilleNovo NordiskFondation pour l'Aide à la Recherche sur la Sclérose en PlaquesUniversity of PennsylvaniaPerelman School of Medicine, University of PennsylvaniaVertex PharmaceuticalsLundbeckfondenUniversity College LondonWellcome TrustUniversitätsspital ZürichVanderbilt UniversityWestmead Millennium Institute for Medical ResearchMcGill UniversityScleroseforeningenHospices Civils de LyonUniversitetet i OsloJohns Hopkins UniversityForskningsrådet om Hälsa, Arbetsliv och VälfärdBroad InstituteEuropean CommissionMenzies Research Institute TasmaniaUniversità degli Studi di MilanoUniversity of MiamiVanderbilt University Medical CenterHelsingin YliopistoDet Sundhedsvidenskabelige Fakultet, Københavns UniversitetHarvard UniversityUniversity of OxfordKaiser PermanenteNational Multiple Sclerosis SocietyNovo Nordisk FondenCase Western Reserve UniversityHarvard NeuroDiscovery Center
Mots-clésMultiple sclerosisImmune systemMajor histocompatibility complexMicrogliaBiologyGeneImmunologyInnate immune systemGeneticsInflammation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We analyzed genetic data of 47,429 multiple sclerosis (MS) and 68,374 control subjects and established a reference map of the genetic architecture of MS that includes 200 autosomal susceptibility variants outside the major histocompatibility complex (MHC), one chromosome X variant, and 32 variants within the extended MHC. We used an ensemble of methods to prioritize 551 putative susceptibility genes that implicate multiple innate and adaptive pathways distributed across the cellular components of the immune system. Using expression profiles from purified human microglia, we observed enrichment for MS genes in these brain-resident immune cells, suggesting that these may have a role in targeting an autoimmune process to the central nervous system, although MS is most likely initially triggered by perturbation of peripheral immune responses.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,214
Écart entre enseignants0,201 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1 417
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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