Characterization of genetic‐origin‐dependent monoallelic expression in mouse embryonic stem cells
Notice bibliographique
Résumé
Monoallelic gene expression occurs in various mammalian cells and can be regulated genetically, epigenetically and/or stochastically. We identified 145 monoallelically expressed genes (MoEGs), including seven known imprinted genes, in mouse embryonic stem cells (ESCs) derived from reciprocal F1 hybrid blastocysts and cultured in 2i/LIF. As all MoEGs except for the imprinted genes were expressed in a genetic-origin-dependent manner, we focused on this class of MoEGs for mechanistic studies. We showed that a majority of the genetic-origin-dependent MoEGs identified in 2i/LIF ESCs remain monoallelically expressed in serum/LIF ESCs, but become more relaxed or even biallelically expressed upon differentiation. These MoEGs and their regulatory regions were highly enriched for single nucleotide polymorphisms. In addition, some MoEGs were associated with retrotransposon insertions/deletions, consistent with the fact that certain retrotransposons act as regulatory elements in pluripotent stem cells. Interestingly, most MoEGs showed allelic differences in enrichment of histone H3K27me and H3K4me marks, linking allelic epigenetic differences and monoallelic expression. In contrast, there was little or no allelic difference in CpG methylation or H3K9me. Taken together, our study highlights the impact of genetic variation including single nucleotide polymorphisms and retrotransposon insertions/deletions on monoallelic epigenetic marks and expression in ESCs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».