Exploration into the MLL4/WRAD Enzyme-Substrate Network: Systematic Identification of CFP1 as a Non-Histone Substrate of the MLL4 Lysine Methyltransferase
Notice bibliographique
Résumé
Histone lysine methyltransferases (KMTs) are key actors in the regulation of the cell's most critical functions, including but by no means limited to gene expression, DNA damage repair, and cell differentiation.Histone KMTs impart control over these processes by remodelling chromatin through the modification of histone N-tail lysine residues.While historically studied exclusively within the context of histones, emerging evidence points to a broader role for histone KMTs, specifically through the lysine methylation of non-histone proteins.In this thesis, I investigate nonhistone lysine methylation activity of the KMT2-class enzyme MLL4, characterized by its monomethylation activity on histone H3K4 at distal enhancer regions and devoid of other known substrates.Through tandem shotgun and systematic approaches, I identify the histone KMTassociated regulatory protein CXXC finger protein 1 as a novel substrate of MLL4, and conduct in vitro investigation of the potential functional consequences of this methylation event.iv Acknowledgments First and foremost, I would like to thank my advisor Dr. Kyle Biggar for providing me with constant support, guidance, and encouragement, without which I would not have been able to achieve this accomplishment.Thank you to the Couture lab at uOttawa for providing me with advice and plasmids used in these experiments.Thank you to Anand, Hemanta, Matt, and all of the other Biggar lab members.This work could not have been completed without their support in the conduct and troubleshooting of experiments, nor without the welcoming and fun working environment they helped create.I am grateful for the love
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».