Diversity of <i>Mycoplasma hyopneumoniae</i> strains from pigs across Ontario, Canada
Notice bibliographique
Résumé
Mycoplasma hyopneumoniae causes highly contagious swine enzootic pneumonia worldwide. It has been reported that highly diversified M. hyopneumoniae strains exist in different parts of the world. We found p146 gene sequencing analysis, an affordable and simple-to-perform typing method, to be specific and highly sensitive when applied to the molecular typing of 113 M. hyopneumoniae–positive clinical samples directly without culture. The samples were submitted to the Animal Health Laboratory at the University of Guelph (Ontario, Canada) during 2009–2017 from 40 different geographic areas in Ontario. Using a previously described criterion of grouping strains with < 4-bp differences into the same molecular type ( p146 type), the 113 clinical samples clustered into 19 p146 genotypes. Dominant types were found in 2016 and 2017 only, indicating that highly diversified M. hyopneumoniae strains existed in Ontario. Some strains from the same geographic location but different years had the same sequence types, indicating that the same strain types circulate persistently in the field. Different p146 genotypes were also identified from similar geographic locations, indicating that either M. hyopneumoniae strains are prone to mutation or that multiple strains can infect the same or nearby swine production units.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».