“Smac”ing the Life out of XIAP
Notice bibliographique
Résumé
X‐linked inhibitor of apoptosis protein (XIAP) is a key prosurvival protein that blocks apoptosis by inhibiting both the intrinsic and extrinsic pathways. Released by the mitochondria when under stress, XIAP is a homodimer, with 2 sets of repeating type I and type II baculoviral IAP domains: BIR1, BIR2 and BIR3, and RING. XIAP has a capacity to block apoptosis by directly inhibiting caspases 3,7 and 9. Second mitochondria‐derived activator of caspases (Smac) is a 184 amino acid chain. Smac antagonizes XIAP by attaching to the BIR3 domain inhibiting the binding of caspase‐9. Synthetic Smac mimetics (SMs) have been designed to duplicate the N‐terminal tetrapeptide (AVPI) or the IAP‐binding motif (IBM). Our model aims to show two BIR3 domain of a homodimer XIAP, bound to the IAP‐binding motif (IBM) of a Smac dimer. Selective antagonism of XIAP, specifically the BIR3 by Smac/SMs or monotherapy is not enough to kill cancer cells, however, it could be combined with immunotherapy, specifically virotherapy. This tricks the immune system to think that the cancer cells have a virus, which stimulates the immune antiviral response and creates an overproduction of immune cells known as a “cytokine storm”, to kill cancer cells. Support or Funding Information The Ashbury College MSOE Center for BioMolecular Modeling SMART Team used 3D modeling and printing technology to examine structure‐function relationships between Smac and BIR3 of XIAP.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,013 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».