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Enregistrement W3018100255 · doi:10.1101/2020.04.22.20074336

Deep phenotyping of 34,128 patients hospitalised with COVID-19 and a comparison with 81,596 influenza patients in America, Europe and Asia: an international network study

2020· preprint· en· W3018100255 sur OpenAlexaff
Edward Burn, Seng Chan You, Anthony G. Sena, Kristin Kostka, Hamed Abedtash, Maria Tereza Fernandes Abrahão, Amanda Alberga, Heba Alghoul, Osaid Alser, Thamir M. Alshammari, María Aragón, Carlos Areia, Juan M. Banda, Jaehyeong Cho, Aedín C. Culhane, Alexander Davydov, Frank DeFalco, Talita Duarte‐Salles, Scott L. DuVall, Thomas Falconer, Sergio Fernández‐Bertolín, Weihua Gao, Asieh Golozar, Jill Hardin, George Hripcsak, Vojtech Huser, Hokyun Jeon, Yonghua Jing, Chi Young Jung, Benjamin Skov Kaas‐Hansen, Denys Kaduk, Seamus Kent, Yee-Suk Kim, Spyros Kolovos, Jennifer C. E. Lane, Hyejin Lee, Kristine E. Lynch, Rupa Makadia, Michael E. Matheny, Paras Mehta, Daniel R. Morales, Karthik Natarajan, Fredrik Nyberg, Anna Ostropolets, Rae Woong Park, Jimyung Park, Jose Posada, Albert Prats‐Uribe, Gowtham Rao, Christian Reich, Yeunsook Rho, Peter R. Rijnbeek, Lisa M. Schilling, Martijn J. Schuemie, Nigam H. Shah, Azza Shoaibi, Seok Young Song, Marc A. Suchard, Joel N. Swerdel, David Vizcaya, Salvatore Volpe, Haini Wen, Andrew E. Williams, Belay Birlie Yimer, Lin Zhang, Oleg Zhuk, Daniel Prieto‐Alhambra, Patrick Ryan

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCOVID-19 Clinical Research Studies
Établissements canadiensAlberta Health
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthMedical Research CouncilVersus ArthritisInnovative Medicines InitiativeEuropean CommissionHealth Insurance Review and Assessment ServiceMinistry of Trade, Industry and EnergyNovo NordiskKorea Health Industry Development InstituteNational Institute for Health and Care ResearchGeneralitat de CatalunyaBill and Melinda Gates FoundationLister Hill National Center for Biomedical CommunicationsDirecció General de Recerca, Generalitat de CatalunyaEuropean Federation of Pharmaceutical Industries and AssociationsInnovationsfondenNovo Nordisk FondenFundación Alfonso Martín EscuderoU.S. National Library of MedicineU.S. Department of Veterans Affairs
Mots-clésMedicineCoronavirus disease 2019 (COVID-19)DemographicsFamily medicinePandemicHealth careHealthcare systemDiabetes mellitusDiseaseDemographyInternal medicineInfectious disease (medical specialty)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background In this study we phenotyped individuals hospitalised with coronavirus disease 2019 (COVID-19) in depth, summarising entire medical histories, including medications, as captured in routinely collected data drawn from databases across three continents. We then compared individuals hospitalised with COVID-19 to those previously hospitalised with influenza. Methods We report demographics, previously recorded conditions and medication use of patients hospitalised with COVID-19 in the US (Columbia University Irving Medical Center [CUIMC], Premier Healthcare Database [PHD], UCHealth System Health Data Compass Database [UC HDC], and the Department of Veterans Affairs [VA OMOP]), in South Korea (Health Insurance Review & Assessment [HIRA]), and Spain (The Information System for Research in Primary Care [SIDIAP] and HM Hospitales [HM]). These patients were then compared with patients hospitalised with influenza in 2014-19. Results 34,128 (US: 8,362, South Korea: 7,341, Spain: 18,425) individuals hospitalised with COVID-19 were included. Between 4,811 (HM) and 11,643 (CUIMC) unique aggregate characteristics were extracted per patient, with all summarised in an accompanying interactive website (http://evidence.ohdsi.org/Covid19CharacterizationHospitalization/). Patients were majority male in the US (CUIMC: 52%, PHD: 52%, UC HDC: 54%, VA OMOP: 94%,) and Spain (SIDIAP: 54%, HM: 60%), but were predominantly female in South Korea (HIRA: 60%). Age profiles varied across data sources. Prevalence of asthma ranged from 4% to 15%, diabetes from 13% to 43%, and hypertensive disorder from 24% to 70% across data sources. Between 14% and 33% were taking drugs acting on the renin-angiotensin system in the 30 days prior to hospitalisation. Compared to 81,596 individuals hospitalised with influenza in 2014-19, patients admitted with COVID-19 were more typically male, younger, and healthier, with fewer comorbidities and lower medication use. Conclusions We provide a detailed characterisation of patients hospitalised with COVID-19. Protecting groups known to be vulnerable to influenza is a useful starting point to minimize the number of hospital admissions needed for COVID-19. However, such strategies will also likely need to be broadened so as to reflect the particular characteristics of individuals hospitalised with COVID-19.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,011
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche, Méta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,011
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,011
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,056
Tête enseignante GPT0,397
Écart entre enseignants0,342 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations48
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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