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Enregistrement W3043343007 · doi:10.1101/2020.07.15.191114

Genetic variants for head size share genes and pathways with cancer

2020· preprint· en· W3043343007 sur OpenAlexafffund
Maria J. Knol, Raymond A. Poot, Tavia E. Evans, Claudia L. Satizábal, Aniket Mishra, Sandra Van der Auwera, Marie‐Gabrielle Duperron, Xueqiu Jian, Dianne H.K. van Dam-Nolen, Sander Lamballais, Mikołaj A. Pawlak, Cora E. Lewis, Amaia Carrión-Castillo, Theo G.M. van Erp, Céline S. Reinbold, Jean Shin, Markus Scholz, Asta K. Håberg, Anders Kämpe, Gloria Hoi‐Yee Li, Reut Avinun, Joshua Atkins, Fang‐Chi Hsu, Alyssa R. Amod, Max Lam, Ami Tsuchida, Mariël W.A. Teunissen, Alexa Beiser, Frauke Beyer, Joshua C. Bis, Daniël Bos, R. Nick Bryan, Robin Bülow, Svenja Caspers, Gwénaëlle Catheline, Charlotte A. M. Cecil, Shareefa Dalvie, Jean‐François Dartigues, Charles DeCarli, Maria Enlund-Cerullo, Judith M. Ford, Barbara Franke, Barry I. Freedman, Nele Friedrich, Melissa J. Green, Simon Haworth, Catherine Helmer, Per Hoffmann, Georg Homuth, M. Kamran Ikram, Clifford R. Jack, Neda Jahanshad, Christiane Jockwitz, Shuo Li, Keane Lim, W. T. Longstreth, Fabìo Macciardi, Outi Mäkitie, Bernard Mazoyer, Sarah E. Medland, Susumu Miyamoto, Susanne Moebus, Thomas H. Mosley, Ryan L. Muetzel, Thomas W. Mühleisen, Manabu Nagata, Soichiro Nakahara, Zdenka Pausová, Adrian Preda, Yann Quidé, William R. Reay, Gennady V. Roshchupkin, Reinhold Schmidt, Pamela J. Schreiner, Kazuya Setoh, Chin Yang Shapland, Stephen Sidney, Beaté St Pourcain, Jason L. Stein, Yasuharu Tabara, Alexander Teumer, Anne Uhlmann, Aad van der Lugt, Meike W. Vernooij, David J. Werring, B. Gwen Windham, A. Veronica Witte, Katharina Wittfeld, Qiong Yang, Kazumichi Yoshida, Han G. Brunner, Quentin Le Grand, Kang Sim, Dan J. Stein, Donald W. Bowden, Murray J. Cairns, Ahmad R. Hariri, Ching‐Lung Cheung, Sture Andersson, Arno Villringer, Tomáš Paus, Sven Cichon, Vince D. Calhoun, Fabrice Crivello, Lenore J. Launer, Tonya White, Peter J. Koudstaal, Henry Houlden, Myriam Fornage, Fumihiko Matsuda, Hans J. Grabe, M. Arfan Ikram, Stéphanie Debette, Paul M. Thompson, Sudha Seshadri, Hieab H.H. Adams

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensHolland Bloorview Kids Rehabilitation HospitalSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstitutePratt FoundationNational Institute on AgingMedical Research CouncilCanadian Institutes of Health ResearchNational Health and Medical Research CouncilKaiser Foundation Research InstituteMacquarie Group FoundationBundesministerium für Wissenschaft, Forschung und WirtschaftErasmus Medisch CentrumEuropean CommissionUniversity of Alabama at BirminghamAustralian Schizophrenia Research BankBundesministerium für Bildung und ForschungNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekAgence Nationale de la RechercheUniversity of AlabamaRamsay Health CareZonMwNorthwestern UniversitySylvia and Charles Viertel Charitable FoundationUniversity of MinnesotaNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésBiologyGeneWnt signaling pathwayGeneticsBrain sizePTENHuman genomeHuman brainGenomeSignal transductionNeurosciencePI3K/AKT/mTOR pathwayMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The size of the human head is determined by growth in the first years of life, while the rest of the body typically grows until early adulthood 1 . Such complex developmental processes are regulated by various genes and growth pathways 2 . Rare genetic syndromes have revealed genes that affect head size 3 , but the genetic drivers of variation in head size within the general population remain largely unknown. To elucidate biological pathways underlying the growth of the human head, we performed the largest genome-wide association study on human head size to date (N = 79,107). We identified 67 genetic loci, 50 of which are novel, and found that these loci are preferentially associated with head size and mostly independent from height. In subsequent neuroimaging analyses, the majority of genetic variants demonstrated widespread effects on the brain, whereas the effects of 17 variants could be localized to one or two specific brain regions. Through hypothesis-free approaches, we find a strong overlap of head size variants with both cancer pathways and cancer genes. Gene set analyses showed enrichment for different types of cancer and the p53, Wnt and ErbB signalling pathway. Genes overlapping or close to lead variants – such as TP53 , PTEN and APC – were enriched for genes involved in macrocephaly syndromes (up to 37-fold) and high-fidelity cancer genes (up to 9-fold), whereas this enrichment was not seen for human height variants. This indicates that genes regulating early brain and cranial growth are associated with a propensity to neoplasia later in life, irrespective of height. Our results warrant further investigations of the link between head size and cancer, as well as its clinical implications in the general population.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,017

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,220 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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