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Enregistrement W3088365751 · doi:10.1101/2020.09.24.311498

Human marginal zone B cell development from early T2 progenitors

2020· preprint· en· W3088365751 sur OpenAlexaff
Thomas J Tull, Michael J. Pitcher, William Guesdon, Jacqueline H. Siu, Cristina Lebrero‐Fernández, Yuan Zhao, Nedyalko Petrov, Susanne Heck, Richard J. Ellis, Pawan Dhami, Ulrich D. Kadolsky, Michelle Kleeman, Yogesh Kamra, David J. Fear, Susan John, Wayel Jassem, Richard Groves, Jeremy Sanderson, Michael D. Robson, David D’Cruz, Mats Bemark, Jo Spencer

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueT-cell and B-cell Immunology
Établissements canadiensSt. Thomas Hospital
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilVetenskapsrådetNational Institute for Health and Care Research
Mots-clésMarginal zoneBiologyBone marrowImmunologyB cellProgenitor cellHoming (biology)HaematopoiesisStem cellCell biologyReceptorMolecular biologyAntibodyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract B cells emerge from the bone marrow as transitional (TS) B cells that differentiate through T1, T2 and T3 stages to become naïve B cells. We have identified a bifurcation of human B cell maturation from the T1 stage forming IgM hi and IgM lo developmental trajectories. IgM hi T2 cells have higher expression of α4β7 integrin and lower expression of IL4 receptor (IL4R) compared to the IgM lo branch and are selectively recruited into gut-associated lymphoid tissue. IgM hi T2 cells also share transcriptomic features with marginal zone B cells (MZB). Lineage progression from T1 cells to MZB via an IgM hi trajectory is identified by pseudotime analysis of scRNA-sequencing data. Reduced frequency of IgM hi gut homing T2 cells is observed in severe SLE and is associated with reduction of MZB and their putative IgM hi precursors. The collapse of the gut-associated MZB maturational axis in severe SLE affirms its existence and importance for maintaining health.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,204
Écart entre enseignants0,189 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations9
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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