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Enregistrement W3126830378 · doi:10.1002/pro.4042

The leucine zipper EF‐hand containing transmembrane protein‐1 EF‐hand is a tripartite calcium, temperature, and pH sensor

2021· article· en· W3126830378 sur OpenAlexafffund
Qi‐Tong Lin, Rachel Lee, Allen L. Feng, Michael Kim, Peter B. Stathopulos

Notice bibliographique

RevueProtein Science · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMitochondrial Function and Pathology
Établissements canadiensDalhousie UniversityUniversity of TorontoWestern University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanada Foundation for Innovation
Mots-clésLeucine zipperEF handCoiled coilChemistryTransmembrane domainTransmembrane proteinBiophysicsBiochemistryCrystallographyMembraneBiologyPeptide sequenceReceptor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Leucine Zipper EF‐hand containing transmembrane protein‐1 (LETM1) is an inner mitochondrial membrane protein that mediates mitochondrial calcium (Ca 2+ )/proton exchange. The matrix residing carboxyl (C)‐terminal domain contains a sequence identifiable EF‐hand motif (EF1) that is highly conserved among orthologues. Deletion of EF1 abrogates LETM1 mediated mitochondrial Ca 2+ flux, highlighting the requirement of EF1 for LETM1 function. To understand the mechanistic role of this EF‐hand in LETM1 function, we characterized the biophysical properties of EF1 in isolation. Our data show that EF1 exhibits α‐helical secondary structure that is augmented in the presence of Ca 2+ . Unexpectedly, EF1 features a weak (~mM), but specific, apparent Ca 2+ ‐binding affinity, consistent with the canonical Ca 2+ coordination geometry, suggested by our solution NMR. The low affinity is, at least in part, due to an Asp at position 12 of the binding loop, where mutation to Glu increases the affinity by ~4‐fold. Further, the binding affinity is sensitive to pH changes within the physiological range experienced by mitochondria. Remarkably, EF1 unfolds at high and low temperatures. Despite these unique EF‐hand properties, Ca 2+ binding increases the exposure of hydrophobic regions, typical of EF‐hands; however, this Ca 2+ ‐induced conformational change shifts EF1 from a monomer to higher order oligomers. Finally, we showed that a second, putative EF‐hand within LETM1 is unreactive to Ca 2+ either in isolation or tandem with EF1. Collectively, our data reveal that EF1 is structurally and biophysically responsive to pH, Ca 2+ and temperature, suggesting a role as a multipartite environmental sensor within LETM1.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,056
Score d'incertitude au seuil0,758

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,267
Écart entre enseignants0,250 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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