Programmable RNA <i>N</i><sup>1</sup>‐Methyladenosine Demethylation by a Cas13d‐Directed Demethylase
Notice bibliographique
Résumé
Abstract N 1 ‐methyladenosine (m 1 A) is a prevalent and reversible RNA modification, which plays a crucial role in the regulation of RNA fate and gene expression. However, the lack of tools to precisely manipulate m 1 A sites in specific transcripts has hindered efforts to clarify the association between a specific m 1 A‐modified transcript and its phenotypic outcomes. Here we develop a CRISPR‐Cas13d‐based tool called re engineered m 1 A mo dification v alid er aser (termed “REMOVER”) for targeted m 1 A demethylation of a specific transcript. The catalytically inactive RfxCas13d (dCasRx) is fused to the m 1 A demethylase ALKBH3, and the dCasRx‐ALKBH3 fusion protein can mediate potent demethylation of m 1 A‐modified RNAs. We further find that REMOVER can specifically demethylate m 1 A of MALAT1 and PRUNE1 RNAs, thereby significantly increasing their stability. Our study establishes REMOVER as a tool for targeted RNA demethylation of specific m 1 A‐modified transcripts, which enables further elucidation of the relationship between m 1 A modification of specific transcripts and their phenotypic outcomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».