Gene Expression Profiling in Kidney Transplants with Immune Checkpoint Inhibitor–Associated Adverse Events
Notice bibliographique
Résumé
Background and objectives Immune checkpoint inhibitors are increasingly used to treat various malignancies, but their application in patients with kidney transplants is complicated by high allograft rejection rates. Immune checkpoint inhibitor–associated rejection is a novel, poorly understood entity demonstrating overlapping histopathologic features with immune checkpoint inhibitor–associated acute interstitial nephritis, which poses a challenge for diagnosis and clinical management. We sought to improve the understanding of these entities through biopsy-based gene expression analysis. Design, setting, participants, & measurements NanoString was used to measure and compare the expression of 725 immune-related genes in 75 archival kidney biopsies, including a 25-sample discovery cohort comprising pure T cell–mediated rejection and immune checkpoint inhibitor–associated acute interstitial nephritis and an independent 50-sample validation cohort comprising immune checkpoint inhibitor–associated acute interstitial nephritis, immune checkpoint inhibitor–associated T cell–mediated rejection, immune checkpoint inhibitor–associated crescentic GN, drug-induced acute interstitial nephritis, BK virus nephropathy, and normal biopsies. Results Significant molecular overlap was observed between immune checkpoint inhibitor–associated acute interstitial nephritis and T cell–mediated rejection. Nevertheless, IFI27 , an IFN- α– induced transcript, was identified and validated as a novel biomarker for differentiating immune checkpoint inhibitor–associated T cell–mediated rejection from immune checkpoint inhibitor–associated acute interstitial nephritis (validation cohort: P <0.001, area under the receiver operating characteristic curve =100%, accuracy =86%). Principal component analysis revealed heterogeneity in inflammatory gene expression patterns within sample groups; however, immune checkpoint inhibitor–associated T cell–mediated rejection and immune checkpoint inhibitor–associated acute interstitial nephritis both demonstrated relatively more molecular overlap with drug-induced acute interstitial nephritis than T cell–mediated rejection, suggesting potential dominance of hypersensitivity mechanisms in these entities. Conclusions These results indicate that, although there is significant molecular similarity between immune checkpoint inhibitor–associated rejection and acute interstitial nephritis, biopsy-based measurement of IFI27 gene expression represents a potential biomarker for differentiating these entities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».