Study of the Molecular Mechanism of W182 in the Bacteriorhodopsin Photocycle
Notice bibliographique
Résumé
Bacteriorhodopsin (bR), a seven-transmembrane photoreceptor protein with retinal as the chromophore found in purple membrane of Halobacterium salinarum R1M1, functions as a proton pump. Tryptophan 182 (W182), one of the most conserved aromatic residues within the microbial rhodopsin family proteins, locates in the intracellular side of the retinal binding pocket and plays a very important role in affecting the photocycle and proton pumping activity of bR through the interaction with the retinal polyene chain. In this study, site-directed mutagenesis of W182F and W182A, in combination with in-situ UV-vis absorption spectroscopy, light-induced transient absorption change sepectroscopy, pH titration and molecular dynamics simulations, is employed to elaborate the molecular mechanism the functional role of W182 in the bR photocycle. Our results show that perturbation of W182F to the bR photocycle mainly originates from the disturbance of the retinal binding pocket, while the affect by the mutation of W182A mainly comes from the disruption of the intracellular half-channel of proton translocation pathway. The two mutations have different molecular mechanisms on the effect of proton transport on the extracellular half channel, resulting in a significant difference in the decay of M intermediate state.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».