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Enregistrement W3208590696 · doi:10.1038/s41587-021-01058-4

Population genomic analysis of Aegilops tauschii identifies targets for bread wheat improvement

2021· article· en· W3208590696 sur OpenAlexafffund
Kumar Gaurav, Sanu Arora, Paula Silva, Javier Sánchez‐Martín, Richard Horsnell, Liangliang Gao, Gurcharn S. Brar, Victoria Widrig, W. J. Raupp, Narinder Singh, Shuangye Wu, Sandip M. Kale, Catherine Chinoy, P. Nicholson, Jesús Quiroz-Chávez, James Simmonds, Şadiye Hayta, Mark A. Smedley, Wendy Harwood, Suzannah Pearce, David Gilbert, Ngonidzashe Kangara, Catherine Gardener, Macarena Forner-Martínez, Jiaqian Liu, Guotai Yu, Scott A. Boden, Attilio Pascucci, Sreya Ghosh, Amber N. Hafeez, Tom O’Hara, Joshua Waites, Jitender Cheema, Burkhard Steuernagel, Mehran Patpour, Annemarie Fejer Justesen, Shuyu Liu, Jackie C. Rudd, Raz Avni, Amir Sharon, Barbara Steiner, Rizky Pasthika Kirana, Hermann Buerstmayr, Ali Ashraf Mehrabi, Firuza Nasyrova, Noam Chayut, Oadi Matny, Brian J. Steffenson, Nitika Sandhu, Parveen Chhuneja, Evans Lagudah, Ahmed F. Elkot, Simon Tyrrell, Xingdong Bian, Robert Davey, Martin Simonsen, Leif Schauser, Vijay Tiwari, H. R. Kutcher, Pierre Hucl, Aili Li, Dengcai Liu, Long Mao, Steven S. Xu, Gina Brown‐Guedira, Justin D. Faris, Jan Dvořák, Ming‐Cheng Luo, Ksenia V. Krasileva, Thomas Lux, Susanne Artmeier, Klaus Mayer, Cristóbal Uauy, Martin Mascher, Alison R. Bentley, Beat Keller, Jesse Poland, Brande B. H. Wulff

Notice bibliographique

RevueNature Biotechnology · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueWheat and Barley Genetics and Pathology
Établissements canadiensUniversity of SaskatchewanUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesDepartment of Plant Sciences, University of California, DavisAgricultural Research ServiceNational Institute of Food and AgricultureDirectorate for Biological SciencesSaskatchewan Wheat Development CommissionDeutsches Zentrum für integrative Biodiversitätsforschung Halle-Jena-LeipzigUniversität ZürichPunjab Agricultural UniversityKementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan TinggiNanjing Agricultural UniversitySichuan Agricultural UniversityTel Aviv UniversityIlam UniversityUniversity of British ColumbiaInstituto Nacional de Investigación AgropecuariaAarhus UniversitetJohn Innes FoundationOeAD-GmbHChinese Academy of Agricultural SciencesInnovationsfondenU.S. Department of AgricultureSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungKing Saud UniversityLeibniz-GemeinschaftResearch Councils UKUniversity of California, DavisACT GovernmentNational Natural Science Foundation of ChinaNational Science FoundationUK Research and InnovationUniversity of MinnesotaKing Abdullah University of Science and TechnologyDepartment of Biotechnology, Ministry of Science and Technology, IndiaInternational Center for Agricultural Research in the Dry AreasEuropean CommissionUniversità di BolognaKansas Wheat CommissionBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilJewish National FundFulbright AssociationMinistry of Agriculture - SaskatchewanASEAN-European Academic University NetworkUniversitas Gadjah MadaInstituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y AlimentariaÖsterreichische Agentur für Internationale Mobilität und Kooperation in Bildung, Wissenschaft und ForschungConsejo Nacional de Ciencia y TecnologíaUniversität für Bodenkultur WienRoyal Society
Mots-clésAegilops tauschiiBiologyAegilopsPopulationGeneticsBiotechnologyGeneGenomeMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Aegilops tauschii, the diploid wild progenitor of the D subgenome of bread wheat, is a reservoir of genetic diversity for improving bread wheat performance and environmental resilience. Here we sequenced 242 Ae. tauschii accessions and compared them to the wheat D subgenome to characterize genomic diversity. We found that a rare lineage of Ae. tauschii geographically restricted to present-day Georgia contributed to the wheat D subgenome in the independent hybridizations that gave rise to modern bread wheat. Through k-mer-based association mapping, we identified discrete genomic regions with candidate genes for disease and pest resistance and demonstrated their functional transfer into wheat by transgenesis and wide crossing, including the generation of a library of hexaploids incorporating diverse Ae. tauschii genomes. Exploiting the genomic diversity of the Ae. tauschii ancestral diploid genome permits rapid trait discovery and functional genetic validation in a hexaploid background amenable to breeding.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,233
Écart entre enseignants0,224 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations287
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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