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Enregistrement W3209267706 · doi:10.1001/jamaoncol.2021.5153

Implications of Selection Bias Due to Delayed Study Entry in Clinical Genomic Studies

2021· article· en· W3209267706 sur OpenAlex
Samantha Brown, Jessica A. Lavery, Ronglai Shen, Axel Martin, Kenneth L. Kehl, Shawn M. Sweeney, Eva M. Lepisto, Hira Rizvi, Caroline G. McCarthy, Nikolaus Schultz, Jeremy L. Warner, Ben Ho Park, Philippe L. Bédard, Gregory J. Riely, Deborah Schrag, Katherine S. Panageas, Margaret Foti, Yekaterina B. Khotskaya, Michael V. Fiandalo, Benjamin Groß, Brooke Mastrogiacomo, Mahdi Sarmardy, Marilyn M. Li, Adam Resnick, Angela J. Waanders, Jena Lilly, Richard D. Carvajal, Raúl Rabadán, Matthew Ingham, Susan Hsaio, Jean Abraham, James D. Brenton, Oscar M. Rueda, Carlos Caldas, Mikel Valgañón, Dilrini De Silva, Chris Boursnell, Raquel Rodríguez-García, Ezequiel Rodriguez, Birgit Nimmervoll, Ethan Cerami, Matthew D. Ducar, Priti Kumari, Neal I. Lindeman, Laura MacConnaill, John A. Orechia, Priyanka Shivdasani, Eliezer M. Van Allen, Jason M. Johnson, Pasi A. Jänne, Michael J. Hassett, Sindy Pimentel, Parin Sripakdeevong, Katherine A. Janeway, Matthew Meyerson, Daniel M. Quinn, Oya Cushing, Kevin M. Haigis, Diana Miller, Alexander Gustav, Angela C. Tramontano, Simon Arango Baquero, Jonathan L. Bell, Michelle Green, Shannon J. McCall, Michael Datto, Fabien Calvo, Fabrice André, Meurice Guillaume, Semih Doğan, Lacroix Ludovic, Jean Scoazec, Monica Ardenos, Gilles Vassal, Stefan Michels, Victor E. Velculescu, Alexander S. Baras, Christopher D. Gocke, Julie R. Brahmer, Charles L. Sawyers, David B. Solit, Stuart M. Gardos, Marc Ladanyi, S. Joseph Sirintrapun, Stacy B. Thomas, Andrew Zarski, Ahmet Zehir, Alexia Iasonosa, John Philip, Andrew L. Kung, Ritika Kundra, Julia E. Rudolph, Hira Rivzi, J. Schwartz, Maufur Bhuiya, Cynthia Chu, Raymond N. DuBois, Tony van de Velde, Hugo M. Horlings, Harm van Tinteren, Martijn P. Lolkema, Les Nijman, Mariska Bierkens, Jelle ten Hoeve, Emilie Voest, Annemieke C. Hiemstra, Gabe S. Sonke, Jacques Craenmehr, Jan Hudeček, Kim Monkhorst, Walter J. Urba, Brady Bernard, Brian Piening, Carlo Bifulco, Paul Tittel, Julie Cramer, Justin Guinney, Celeste Yu, Xindi Guo, Alyssa Acebedo, Philip W. Gold, Neil A. Bailey, Sabah Kadri, Jeremy P. Segal, Wanjari Pankhuri, Peng Wang, Steinhardt George, Moung Christine, Laura van’t Veer, Eric Talevich, Amanda Wren, E. Alejandro Sweet‐Cordero, Michelle L. Turski, Suzanne Kamel‐Reid, Zhibin Lu, Trevor J. Pugh, Lillian L. Siu, Stuart Watt, Natasha B. Leighl, Lailah Ahmed, Geeta Krishna, Carlos Virtaenen, Helen Chow, Demi Plagianakos, Samantha Del Rossi, Nitthusha Singaravelan, Sevan Hakgor, Nazish Qazi, Alisha Nguyen, Natalie Stickle, Thomas Stricker, Christine Micheel, Ingrid Anderson, Leigh F. Jones, Lucy Lu Wang, Christine M. Lovly, Michele LeNoue Newton, Ben Park, Daniel Fabbri, Joseph Coco, Chen Ye, Sandip Chaugai, Sanjay Mishra, Yuanchu James Yang, Wen Li, Rodrigo Dienstmann, Susana Aguilar Izquierdo, Cristina Viaplana Donato, Francesco M. Mancuso, Ümit Topaloĝlu, Liang Liu, Meijian Guan, Wei Zhang, Guangxu Jin, James C. Knight, Michael D’Eletto, E. Zeynep Ormay, Shrikant Mane, Kaya Bilgüvar, Walther Zenta, Daniel Dykas

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueJAMA Oncology · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer Centre
Organismes subventionnairesNational Cancer Institute
Mots-clésMedicineMilestoneTruncation (statistics)Lung cancerData setCancerSurvival analysisOncologyInternal medicineStatistics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

IMPORTANCE: Real-world data sets that combine clinical and genomic data may be subject to left truncation (when potential study participants are not included because they have already passed the milestone of interest at the time of study recruitment). The lapse between diagnosis and molecular testing can present analytic challenges and threaten the validity and interpretation of survival analyses. OBSERVATIONS: Effects of ignoring left truncation when estimating overall survival are illustrated using data from the American Association for Cancer Research (AACR) Project Genomics Evidence Neoplasia Information Exchange Biopharma Collaborative (GENIE BPC), and a straightforward risk-set adjustment approach is described. Ignoring left truncation results in overestimation of overall survival: unadjusted median survival estimates from diagnosis among patients with stage IV non-small cell lung cancer or stage IV colorectal cancer were overestimated by more than 1 year. CONCLUSIONS AND RELEVANCE: Clinicogenomic data are a valuable resource for evaluation of real-world cancer outcomes and should be analyzed using appropriate methods to maximize their potential. Analysts must become adept at application of appropriate statistical methods to ensure valid, meaningful, and generalizable research findings.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,064
Score d'incertitude au seuil0,389

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,076
Tête enseignante GPT0,418
Écart entre enseignants0,342 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle