Molecular Docking and Dynamics of CePNKP Phosphatase Binding to the ss-5-Mer TCCTC
Notice bibliographique
Résumé
Polynucleotide kinase/phosphatase (PNKP) is a DNA repair enzyme found in mammals, which recognizes and repairs DNA backbone breaks with 3'-phosphate and 5'-hydroxyl ends. DNA can be damaged by ionizing radiation, chemical agents and enzymatic action. The phosphatase domain of PNKP recognizes the 3'-phosphate group, excises it, and replaces it with a 3'-hydroxyl group, thereby making the 3'-end ready for the action of a ligase that completes the DNA strand. In this work, the single-stranded 5-mer TCCTC sequence was docked to the phosphatase domain of the C. elegans PNKP using the Modeller interface implemented in the UCSF Chimera software, taking into account the crystallographic information available. The structure of the complex was subject to a classical molecular dynamics protocol using Gromacs. Molecular dynamics is a computer simulation technique that allows us to compute dynamic and thermodynamic properties to determine the physical interaction between the PNKP phosphatase and the ssDNA. Department: Physical Sciences Faculty Mentor: Dr. Jorge Llano
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».