Comparative Enhancer Map of Cattle Muscle Genome Annotated by ATAC-Seq
Notice bibliographique
Résumé
Annotating regulatory elements could benefit the interpretation of the molecular mechanism of genome-wide association study (GWAS) hits. In this work, we performed transposase-accessible chromatin with sequencing (ATAC-seq) to annotate the cattle muscle genome's functional elements. A total of 10,023 and 11,360 peaks were revealed in muscle genomes of adult and embryo cattle, respectively. The two peak sets produced 8,850 differentially accessible regions (DARs), including 2,515 promoters and 4,319 putative enhancers. These functional elements were associated with the cell cycle, muscle development, and lipid metabolism. A total of 15 putative enhancers were selected for a dual-luciferase reporter assay, and 12 of them showed enhancer activity in cattle myoblasts. Interestingly, the GeneHancer database has annotated the interactions of eight active enhancers with gene promoters, such as embryo-specific peak1053 (log2FC = 1.81, embryo/adult, E/A) with ligand-dependent nuclear receptor corepressor-like protein ( LCORL ) and embryo-specific peak4218 (log2FC = 1.81) with FERM domain-containing 8 ( FRMD8 ). A total of 295 GWAS loci from the animal QTL database were mapped to 183 putative enhancers, including rs109554838 (associated with cattle body weight and average daily gain) to peak1053 and rs110294629 (associated with beef shear force and tenderness score) to peak4218. Notably, peak4218 has been found to be involved in mouse embryo development. Deleting peak4218 clearly reduced luciferase activity ( P = 3.30E-04). Our comparative enhancer map is expected to benefit the area of beef cattle breeding.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».