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Enregistrement W4206272014 · doi:10.1101/2022.01.13.476155

Transatlantic spread of highly pathogenic avian influenza H5N1 by wild birds from Europe to North America in 2021

2022· preprint· en· W4206272014 sur OpenAlexafffundabout
Valentina Caliendo, Nicola S. Lewis, Anne Pohlmann, Stephen R. Baillie, Ashley C. Banyard, Martin Beer, Ian H. Brown, Ron A. M. Fouchier, Rowena Hansen, Thomas K. Lameris, Andrew S. Lang, Sonja Laurendeau, Oliver Lung, Gregory J. Robertson, Henk P. van der Jeugd, Tamiru N. Alkie, Kasper Thorup, Mariëlle L. van Toor, Jonas Waldenström, Carmencita Yason, Thijs Kuiken, Yohannes Berhane

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueInfluenza Virus Research Studies
Établissements canadiensEnvironment and Climate Change CanadaUniversity of Prince Edward IslandCanadian Food Inspection AgencyMemorial University of Newfoundland
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesHorizon 2020 Framework ProgrammeBundesministerium für Bildung und ForschungU.S. Department of Health and Human ServicesNational Institutes of HealthDepartment for Environment, Food and Rural Affairs, UK GovernmentEnvironment and Climate Change Canada
Mots-clésInfluenza A virus subtype H5N1Highly pathogenicWaterfowlGooseGeographyBird migrationOutbreakAvian influenza virusBiologyWildlifeVirologyZoologyVirusEcologyHabitat

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Highly pathogenic avian influenza (HPAI) viruses of the A/Goose/Guangdong/1/1996 lineage (GsGd), which threaten the health of poultry, wildlife and humans, are spreading across Asia, Europe and Africa, but are currently absent from Oceania and the Americas. In December 2021, H5N1 HPAI viruses were detected in poultry and a free-living gull in St. John’s, Newfoundland and Labrador, Canada. Phylogenetic analysis showed that these viruses were most closely related to HPAI GsGd viruses circulating in northwestern Europe in spring 2021. Analysis of wild bird migration suggested that these viruses may have been carried across the Atlantic via Iceland, Greenland/Arctic or pelagic routes. The here documented incursion of HPAI GsGd viruses into North America raises concern for further virus spread across the Americas by wild bird migration. One-Sentence Summary Detection of H5N1 highly pathogenic avian influenza in Canada raises concern for spread in the Americas by migratory birds.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,678
Score d'incertitude au seuil0,999

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,000
Bibliométrie0,0010,003
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,278
Écart entre enseignants0,251 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations30
Publié2022
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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