The complete mitochondrial genome of the spot prawn,<i>Pandalus platyceros</i>Brandt in von Middendorf, 1851 (Decapoda: Caridea: Pandalidae), assembled from linked-reads sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Pandalus platyceros Brandt in von Middendorf, 1851, the spot prawn, is a commercially important pandalid shrimp that sustains a small fishery in the northeastern Pacific Ocean. We report, for the first time, the complete mitochondrial genome of P. platyceros, while also testing whether linked-reads sequencing (10X Genomics) data can be used to assemble complete and accurate mitochondrial genomes. The pipeline GetOrganelle assembled and circularized the complete mitochondrial chromosome of P. platyceros with an average coverage of 28.2x from a dataset of 5 M pairs of linked reads. The AT-rich mitochondrial genome of P. platyceros is 16,628 bp in length and comprised of 13 protein-coding genes (PCGs), 2 ribosomal RNA genes, and 24 transfer RNA genes. One copy of all tRNA genes was present, except for tRNA-G, which had three copies. A single 1,077 bp-long intergenic space was assumed to be the D-loop/Control region. Selective pressure analysis indicated the PCGs were under purifying selection, although levels differed among genes. The highest KA:KS ratios were found in nad4 and nad4l, suggesting weaker purifying selection and environmental constraints on these genes. The KA:KS ratios for cob and cox1 were a magnitude lower than the ratios in other PCGs, suggesting strong purifying selection acting upon these genes. A maximum likelihood phylogenetic analysis based on all PCGs that included a total of 91 species of shrimps supported the monophyly of the infraorder Caridea and family Pandalidae. Furthermore, the monophyly of other caridean families, including Alvinocaridae, Atyidae, Thoridae, Lysmatidae, and Palaemonidae was also supported by the same analysis. Our results thus suggest that mitochondrial PCGs have enough phylogenetic information to resolve relationships at high taxonomic levels (families) in Caridea. This study contributes new genomic resources for this commercially important species and demonstrates that linked-reads sequencing can be used to assemble accurate mitochondrial genomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».