Repurposing an ancient protein core structure: structural studies on FmtA, a novel esterase of <i>Staphylococcus aureus</i>
Notice bibliographique
Résumé
FmtA is a penicillin-recognizing protein (PRP) with novel hydrolytic activity toward the ester bond between D-Ala and the backbone of teichoic acids (TA), the polyol-phosphate polymers found in the S. aureus cell envelope. Two of the PRPs conserved motifs, namely SXXK and Y(S)XN, are involved in this hydrolysis, but its catalytic mechanism remains elusive. Here we determined the crystal structure of FmtA. FmtA shares the core structure of PRPs: an all -helical domain and / domain sandwiched together. However, it does not have the typical PRPs active-site cleft. Its active site is shallow, solvent-exposed and wide. Furthermore, the SXXK and Y(S)XN motifs of FmtA offer all that is necessary for catalysis: the active-site nucleophile (serine) and the general base (lysine) required for acylation and deacylation steps and an anchor (tyrosine) to hold the active-site serine, and possibly the substrate, in an optimum conformation for catalysis [1]. Our study establishes that the FmtA esterase activity represents an expansion of the catalytic activity repertoire of the PRPs core structure, which typically displays peptidase activity. The structure of FmtA provides insights to the design of inhibitor molecules with the potential to serve as leads in the development of novel antibacterial chemotherapeutic agents. Figure 1. Cartoon representation of the FmtA structure with the active-site residues shown in sticks.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».